اعترفت الدولة الفاطمية بهذه الامارة العربية النوبية، فقد استعان الخليفة الحاكم بأمر الله بأبي المكارم هبة الله أمير ربيعة في القبض على ابي ركوة الخارج على الدولة الفاطمية. ونجح أبو المكارم في القبض عليه سنة 1006م، ولذا كوفئ بلقب كنز الدولة وتوارث ابناؤه هذا اللقب، وعرف بنو ربيع ببني كنز. وهم الكنوز الحاليون الذين يمتد موطنهم من من أسوان حتى كرسكو جنوبا. وقد بلغت العلاقات الحسنة قمتها في عهد المستنصر بالله الفاطمي«1035 1094م» الذي كانت والدته نوبية، فاستكثر من جند السودان حتى كان عددهم يربو على الخمسين الفا حسب رواية ابن ميسر. وقد سكنت طوائف السودان في وقت المستنصر حارات عديدة معروفة في القاهرة القديمة مثل باب الفتوح والحسينية وباب زويلة. وارتفعت وضعية النوبيين في الدولة الفاطمية وشاركوا في صراعاتها وخلافاتها، وبالتالي كان عليهم تحمل نتائج سقوط الدولة الفاطمية ايضا. وكان من الطبيعي أن ينحسر نفوذ النوبيين مع انتهاء عهد الفاطميين في مصر، وذلك عندما تم تعيين صلاح الدين الايوبي وزيرا على مصر من قبل السلطان نور الدين محمود «1118 1174م» حاكم حلب وأحد قادة الحروب الصليبية، وباسم المستنجد بالله الخليفة الثالث والعشرين في العصر العباسي الثاني«11601170م». وقد تولى صلاح الدين السلطة عام 1169م. وكانت علاقة صلاح الدين الايوبي غير جيدة مع الجند السودانيين المكونين للجيش، فقد مال الى استبدالهم بعناصر كردية وتركية وديلمية. ويضاف الى ذلك استمرار ولاء الجنود النوبيين للفاطميين وحاولوا استعادتهم للسلطة، ليكرس النوبيون مكانتهم السابق. لذلك تمردوا على صلاح الدين الذي أرسل حملة بقيادة شجاع الدين البعلبكي عام 1172م انتهت بهزيمة الجند السودانيين الذين فروا الى الصعيد. ثم كرر حملاته على امارة الكنوز بإرسال أخيه شمس الدولة توران شاه عام 1173 الذي احتل أبريم بعد حصار دام ثلاثة أيام، حيث تمت استباحتها وخربت بعض اجزائها وحولت الكنيسة الى جامع. ومنحت ابريم كاقطاعية لابراهيم الكردي، والذي استخدمها كقاعدة في الاغارة على بلاد النوبة، حتى انسحب بعد عامين، وعاد النوبيون الى احتلالها. وجاء في بعض المصادر أن الأيوبيين سعوا من خلال تلك الحملة الى البحث عن مأوى أو منفى آمن، في حالة انقلاب مولاه نور الدين زنكي عليه. ويبدو أن تقرير توران شاه عن النوبة كان سلبيا، فقد وجد البلاد فقيرة وغير مستقرة. وكانت اليمن خيارا ثانيا. ولكن صلاح الدين لم يهمل النوبة تماما لأنها لم تخضع للايوبيين وظلت تناوشهم من الجنوب، واستمر تعاطف الكنوز مع بقايا الفاطميين. فأرسل جيشا كبيرا بقيادة أخيه الملك العادل الذي استطاع سحق مقاومة كنز الدولة الذي فر جنوبا ولكن قبض عليه وقتل في 1174م.. وكانت هذه بداية نهاية طويلة لنفوذ الكنوز في المنطقة، فقد انسحبوا الى المريس وحاولوا تثبيت نفوذهم تدريجيا فيها، وفي نفس الوقت حاولوا مرارا استعادة اسوان وقد تم لهم ذلك في عام 1388م. ولكن لم يعد هناك أي ذكر لبني كنز حتى نهاية حقبة الايوبيين. وبالتأكيد، استفاد الكنوز من وجود الجماعات التي أسلمت في منطقة المريس والتي اكتشفت فيها بعض المقابر الاسلامية. ويرجع «مسعد» هذا الوجود الاسلامي الى ما يسميه: «تبادل في الجماعات والثقافات» بين مصر الاسلامية والنوبة المسيحية. ويكتب: «فخرجت من النوبة جماعات نوبية مسيحية التحقت بجيش مصر. ولفظت مصر بعض عناصر الشغب فيها في نظر ولاتها الاتراك وهم جميعا من العرب المسلمين فانسابوا الى النوبة. ثم اخذ هؤلاء يؤثرون تأثيرا بشريا وثقافيا في ما تبقى من عناصر نوبية مستقرة، على حين أن هذه العناصر النوبية النازحة الى مصر لا بد أن تكون قد تحولت الى الاسلام ، بدليل ما تردد في بعض المراجع من شكوى أهل مصر من ضيق المسجد الجامع يوم الجمعة بالجند، مما يعني انتشار الاسلام. ولم يعد هناك خطر يواجه الايوبيين الذين كانت لهم مشكلاتهم وانقساماتهم الداخلية مع انشغالهم اكثر بالخطر الصليبي. وقد خلقت هذه الوضعية هدوءا في العلاقة بين الطرفين، ولم يورد المؤرخون الكثير من الاحداث عن الفترة حتى قيام دولة المماليك. وجاء اهتمام المسلمين ببلاد النوبة هذه المرة من الشرق، وبالتحديد من البحر الاحمر والذي صار بؤرة صراع بين المماليك والصليبيين. فقد غدت ميناء «عيذاب» منفذ مصر الرئيسي على البحر الاحمر. واشتهرت «عيذاب» منذ القرن الثاني عشر الميلادي، بعد تحول قوافل الحج من مصر وبلاد المغرب، عن طريق سيناء الى الصعيد الاعلى «قوص» فعيذاب، بسبب الحروب الصليبية على سواحل الشام وفلسطين، وقيام الامارات الصليبية بها. وحاول الصليبيون الاعتداء على «عيذاب»، مما زاد اهتمام سلاطين المماليك بالبحر الاحمر والساحل الافريقي الشرقي. وهذا يعني السيطرة الكاملة والمباشرة على بلاد النوبة بسبب موقعها الحيوي. وفي إطار هذه الاستراتيجية، قام السلطان بيبرس بإرسال حملة حربية لاخضاع صاحب سواكن عام 1265م الذي هزم واقيمت حامية مملوكية في سواكن. وقد أدى هذا الوضع الجديد الى شعور حكام الممالك المسيحية بتهديد لمصالحهم وحصار المسلمين لهم. وهذا يعني الاضرار بحركتهم الاقتصادية، وعزلهم عن العالم الخارجي بالذات الاراضي المقدسة بفلسطين. لذلك انتهز داؤود ملك النوبة فرصة انشغال السلطان بيبرس بجيوشه في أرمينيا الصغري، فقام بالهجوم على اسوان عام 1272م، وأسر عددا من المسلمين وأجبرهم على بناء كنيسة سوس بدنقلة، وخرب عددا من السواقي. وكان قد أغار على «عيذاب» ونهب متاجرها وقتل كثيرا من أهلها. ومن الملاحظ ان الاعتداء قد طال المعابر والموانئ وهو ما ازعج المماليك. واعتبر البعض هذا الاعتداء جزءا من مخطط صليبي يشارك فيه النوبيون في ذلك الجزء من العالم الاسلامي بقصد تشتيت جهود المماليك في حربهم ضد الصليبيين، خاصة بعد أن حققوا عددا من الانتصارات. ويرى آخرون في هجوم الملك داؤود تعاطفا مع اقباط مصر الذين تعرضوا للاضطهاد من قبل المماليك. ومهما كانت الاسباب، لم يكن من الممكن أن يترك بيبرس مثل هذه الاعمال ان تمر بلا عقوبة. «5» اطلق وصف الفترة الغامضة على الزمن الممتد من عام 1316 حتى1504، ويمثل التاريخ الاول تحول الملك في دنقلا الى الاسلام والثاني سقوط مملكة علوة في يد الفونج. وكان الوجود العربي قد تزايد في بلاد النوبة خلال هذه الفترة بسبب الاضطرابات التي سادت في الدول العربية. فقد اتت القبائل العربية الى المنطقة في شكل غير منظم، فهي لم تأتِ ضمن جيش نظامي يقوم بفتح البلاد ويؤسس حكما خاصا به. فقد خضعت القبائل العربية لسطة الحكام المحليين، ولكنهم اكتسبوا مكانة مميزة من خلال التزاوج والتحالفات. وقد شاركت قبائل عربية في الصراعات المحلية وكان لهم دور مؤثر في سقوط أو «خراب سوبا» وقيام دولة الفونج. ويقول شقير: «وقد انقرض النوبة في تلك البلاد وانقرضت لغتهم ولم يبق منهم الا نفر قليل في ضواحي شندي وجريف ود قمر بقرب سوبا، فاعتنقوا الاسلام واتخذوا لغة العرب لغة لهم، ولم يزالوا مميزين عن العرب في الملامح والاخلاق تمييزا لا يراه الا الوطني. وهم على إسلامهم محتقرون واسم نوباوي من الفاظ الشتم عندهم، والعرب تأنف من مصاهرتهم الا أنهم قد يتزوجون الجميلة من نسائهم ويزوجون كبارهم غير الجميلة من نساء العرب. وهذا تحول عرقي وثقافي حاسم، ولكنه تسبب في كثير من الفوضى والصراع على السلطة السياسية والمكانة الاجتماعية. وحمل معه قدرا من العنصرية أو على الاقل التأكيد على امتياز قائم على الاصل أو العرق. وكانت هذه بداية تكوين السودان الهجين والمتعدد ثقافيا الذي عجز حتى الآن عن تحويل هذه الميزة الى شعور قومي بالمواطنة والدولة والوطن الواحد. وقد لعب المماليك دورا مهماً وحاسماً في أسلمة ودمج النوبة في العالم الاسلامي. اذ كان للتفوق المملوكي أثره في اقناع حكام المنطقة بقبول سيطرتهم سواء خشية أو بالقوة المباشرة. وكانت الحروب الكثيرة بين المسلمين في الشمال والنوبة في الجنوب، سبباً في الاختلاط والاختلال السكاني. فقد تم إرسال كثير من الرقيق والاسرى النوبيين الى القاهرة. كما أن اشتراك عربان الوجه البحري والقبلي في حملات المماليك وعدم عودتهم مرة اخرى لمصر واستقرارهم في بلاد النوبة خلق وضعا جديدا. يضاف إلى ذلك، تعيين ملك مسلم. وقد مثل هذا الوضع تحولا جديدا ادى الى بروز بني كنز في الساحة النوبية. إذ نتيجة لمصاهرتهم ملوك النوبة، آل اليهم الحكم وفق نظام التوريث الأمومي. وهكذا انتهت مملكة المقرة، وكان من الطبيعي أن يصيب علوة نفس المصير. فقد عرفت ايضا وصول الكثير من القبائل العربية، وقامت عدة امارات ومشيخات عربية في جهات حوض النيل الاوسط، حيث تغلبت على الحكام المحليين من النوبة. ولكن لم تؤدِ هذه الحالة الى الاستقرار، فقد تفاقم صراع القبائل العربية حول الموارد المائية والزراعية المحدودة مع القبائل المحلية. كما أن الأحوال عموماً كانت متدهورة. وظهرت الحاجة إلى عقد اجتماعي جديد يضمن أمن هذه الجماعات المتنافرة، وظهرت حاجة قوية إلى قيام حكومة مركزية يخضع لها الجميع، تحقق الأمن وتحمي طرق القوافل التجارية بهدف تحسين الأوضاع الاقتصادية. وكانت النتيجة قيام ما سمي بالحلف السناري الذي ضم عمارة دونقس زعيم الفونج وعبد الله جماع شيخ القواسمة من العبدلاب. وقضى الحليفان نهائيا على البيت الملكي النوبي في علوة، وتأسست مملكة الفونج الإسلامية في عام 1504م، وشملت سلطنة الفونج جميع بلاد علوة وجزءاً كبيراً من أرض النوبة الشمالية.
