شكك المؤتمر الوطني ،في ان تسير عملية الاستفتاء القادم بحرية ونزاهة، واتهم الحركة الشعبية بوضع العراقيل امام عملية التسجيل وتخويف وترهيب الجنوبيين وترحيلهم من الشمال، بجانب التضييق على الحريات و العمل السياسي على كل القوى السياسية في الجنوب ،وهدد بعدم قبول نتائج الاستفتاء في حال عدم الشفافية والنزاهة. وقال نائب رئيس المؤتمر الوطني بولاية الخرطوم ،الدكتور محمد مندور المهدي ،عقب جولة قام بها على مراكز التسجيل بمحلية ام بدة امس ،انه لاحظ خلال الزيارة للمناطق الاكثر تواجداً للجنوبيين،ضعف التسجيل ،واضاف ان المعلومات الواردة اليهم من الجنوب تشير الى ان الذين تم تسجيلهم « 2.8» مليون ناخب ،مبيناً ان العدد يعادل نسبة 61% ممن تم تسجلهم على مستوى الانتخابات، وعزا مندور احجام الموطنين عن التسجيل،الى ممارسة الحركة الشعبية للارهاب والتخويف وتحريض المواطنين ،ومنعهم من التسجيل وترحيلهم الى الجنوب وقال ان الحركة قامت بحملة منظمة لترحيل الجنوبيين بتوفير الشاحنات ،الامر الذي قال انه يفقدهم حقهم في التسجيل والتصويت للاستفتاء ،مشيراً الى ان هؤلاء لم يسجلوا على مستوى الشمال والجنوب «والحركة لاترغب في تسجيلهم في الشمال لانها تعلم انهم دعاة وحدة وسيصوتون لها « وهي تفكر في فصل الجنوب . وشكك مندور في نزاهه عملية الاستفتاء ،وقال ان المؤشرات تقول ان الاستفتاء في الجنوب لا يسير بحرية وشفافية ،ودعا الى مناقشة هذه المسألة في اجتماعات مؤسسة الرئاسة لان « المؤتمر الوطني اعلن موقفه الثابت ان لم تكن عملية الاستفتاء حرة ونزيهة فلن يقبل بنتائجها ،كما ان المجتمع الدولي لن يعترف بها.