دفعت مجموعة قانونية بطعن ضد مفوضية الاستفتاء لدى المحمكة الدستورية. وحمل الطعن، المفوضية مسؤولية بعض الخروقات التي صاحبت عملية التسجيل واستند الطاعنون في مذكرتهم لقضاة المحكمة، على وجود تمييز عرقي واثني وديني حرم مجموعات من جنوب السودان من تسجيل اسمائهم بمراكز التسجيل. وقالت المحامية زينب بشير سيداحمد، انهم تلقوا تفويضا من قبل مواطنين ترجع اصولهم الاثنية لمناطق جنوب السودان منعوا من ادراج اسمائهم في مراكز التسجيل بولاية غرب بحر الغزال بحجة عدم انتمائهم للقبائل الجنوبية المعنية بتقرير المصير. واضافت ان لجان الاستفتاء رفضت تسجيل قبائل السليم والصبحة والتعايشة في مقاطعة الرنك رغم وجودهم بتلك المناطق منذ العام 1835، فضلا عن قيام احد اعضاء المجلس التشريعي بتسجيل 184 شخصا غيابيا بمقاطعة ابيم بولاية الوحدة، وهو ما يخالف نص قانون الاستفتاء، بجانب تقليص الجداول الزمنية على حساب مراحل عملية الشكاوى والاستئنافات، وشددت على انعدام حرية التبشير بخيار الوحدة واعتقال حكومة الجنوب لناشطين من الحركة الشعبية التغيير الديمقراطي، ونائب رئيس الاتحاد الوطني للشباب السوداني. واضافت زينب ان المذكرة طالبت بإلغاء اجراءات التسجيل لمخالفتها الدستور، وقالت انهم لجأوا للمحكمة الدستورية نسبة لارتباط الخروقات بالتمييز العرقي والاثني والديني ما يتعارض مع دستور السودان للعام 2005، مؤكدة لجوء تلك المجموعات للمفوضية التي لم تبت في شكاويها. من جانبها، حملت المتحدثة الاعلامية باسم المفوضية، سعاد ابراهيم عيسى مسؤولية «ضغط الجداول الزمنية» لطرفي نيفاشا لتلكؤهما في استصدار قانون الاستفتاء وتعيين اعضاء المفوضية، فضلا عن تعثر التمويل وتوفير مقر ثابت للمفوضية ابان بداية تكوينها. وزادت «من السهل ادراج حيثيات وارقام وتقديم طعون وشكاوى ولكن العبرة في الاتيان بالادلة الدامغة». وقالت المتحدثة باسم المفوضية ل»الصحافة» ان هناك لجانا ومحاكم مختصة بالنظر فى الشكاوى والطعون كان من الافضل اللجوء اليها بدلا من رفعها للمحكمة الدستورية، واضافت «ليس منطقيا ولا يستقيم اتهام شخص بتسجيل 184 ناخبا غيابيا لان عملية التسجيل لا تتيح للمستهدف سوى بطاقة واحدة تتطلب البصمة،» وزادت «لا اعتقد ان هذا الشخص بصم 184 مرة فى ظل وجود موظفي اللجان والمراقبين،» لافتة الى ان المفوضية غير معنية بتأمين مراحل الاستفتاء لأنها جهة فنية يقع على عاتقها تنظيم الاستفتاء وليس تأمينه؛ لانه مسؤولية الحكومة. واعتبرت المزاعم بأن لجان الاستفتاء هي الحكم والخصم في ان واحد، أمرا لا يخلو من التناقض.