دفعت مجموعة قانونية بطعن ضد مفوضية الاستفتاء لدى المحكمة الدستورية وحمل الطعن، المفوضية مسؤولية بعض الخروقات التي صاحبت عملية التسجيل. واستندت المذكرة على وجود تمييز عرقي واثني وديني حرم مجموعات من جنوب السودان من تسجيل أسمائهم بمراكز التسجيل. وقالت المحامية زينب بشير سيد احمد، إنهم تلقوا تفويضاً من قبل مواطنين ترجع أصولهم الاثنية لمناطق جنوب السودان منعوا من إدراج أسمائهم في مراكز التسجيل بولاية غرب بحر الغزال بحجة عدم انتمائهم للقبائل الجنوبية المعنية بتقرير المصير. وأضافت إن لجان الاستفتاء رفضت تسجيل قبائل السليم والصبحة والتعايشة في مقاطعة الرنك رغم وجودهم بتلك المناطق منذ العام 1835، فضلا عن قيام احد أعضاء المجلس التشريعي بتسجيل 184 شخصا غيابياً بمقاطعة ابيم بولاية الوحدة، وهو ما يخالف نص قانون الاستفتاء، بجانب تقليص الجداول الزمنية على حساب مراحل عملية الشكاوى والاستئنافات، وشددت على انعدام حرية التبشير بخيار الوحدة واعتقال حكومة الجنوب لناشطين من الحركة الشعبية التغيير الديمقراطي، ونائب رئيس الاتحاد الوطني للشباب السوداني. وأضافت زينب إن المذكرة طالبت بإلغاء إجراءات التسجيل لمخالفتها الدستور، وقالت إنهم لجأوا للمحكمة الدستورية نسبة لارتباط الخروقات بالتمييز العرقي والاثني والديني ما يتعارض مع دستور السودان للعام 2005، مؤكدة لجوء تلك المجموعات للمفوضية التي لم تبت في شكاويها.