كشف تقرير المراجع القومي الأخير عن وجود مخالفات في (6) مؤسسات تجارية شملت الهيئة العامة للإمدادات الطبية، الشركة العالمية الحديثة للاستثمار، مجموعة سوداتل للاتصالات، هيئة وادي النيل للملاحة النهرية، هيئة سكك حديد السودان، الهيئة العامة لقاعة الصداقة. وأجمل التقرير المخالفات في عدم الفصل فيها بين المهام والمسئوليات، مما يخالف قانون الشراء والتعاقد، فضلاً عن التصرف في الفوائض دون موافقة وزارة المالية وقرار من الجمعية العمومية وعدم تكوين مخصصات لفوائد ما بعد الخدمة، وغياب مجالس الإدارة مما يخالف متطلبات الحوكمة ويُضعف الرقابة على الإدارة التنفيذية، وتبعية المراجعة الداخلية للمدير العام، مما يُضعف استقلاليتها، بجانب القصور في النظم المحاسبية المطبقة ووجود مديونيات راكدة منذ عدة سنوات لذمم تجارية، والصرف على بعض الجهات الحكومية دون موافقة الوزير وتركيز المعاملات مع الأطراف ذات العلاقة وتغليب مصلحة الغير وغياب سجل للوظائف وعدم تطابق الهيكل التنظيمي والوظيفي مع الوظائف الفعلية.