بالمقابل هناك شواهد تشير إلى أن العلاقة بين الحسن ووالده غير "طبيعية" وإن كانت غير مرئية، أولى هذه الشواهد تمثلت في تشكيل الميرغني لجنة للتواصل مع الأحزاب من بين مهامها التفاوض مع حزب المؤتمر الوطني الحاكم، وأسند الميرغني رئاسة اللجنة للمرشح الرئاسي السابق حاتم السر، إضافة إلى عضوية كل من أحمد سعد عمر، الفاتح تاج السر، جعفر أحمد عبدالله، حسن محمد مساعد، مجذوب أبو موسى، والخليفة عبدالمجيد عبدالرحيم، لكن أبرز المفاجآت التي حواها القرار، استبعاد الحسن من اللجنة، ما يشير إلى وجود خلافات داخل الحزب وأنه بات يفقد سيطرته على الحزب. أما الشاهد الثاني فهو تقديم الميرغني قائمة بأسماء مرشحي حزبه في الحكومة، بالرغم من تقديم الحسن قائمة أخرى لحزبه باعتباره الشخص المكلف بإدارة الحزب من قبل والده، وفاجأ المؤتمر الوطني الحسن بعد موافقته على قائمة الميرغني الأب التي ضمت خصوم الحسن، بالرغم من تقديم أنصار الحسن في الحكومة والبرلمان استقالاتهم في محاولة للضغط على المؤتمر الوطني للتراجع عن موقفه وقبول القائمة التي تقدم بها الحسن. غياب عن أداء القسم وبعد إعلان الحكومة الجديدة التي خلت من مناصري الحسن، عبر نجل الميرغني عن رفضه للتشكيل الحكومي، وظهر ذلك في تغيبه عن أداء القسم بعد تعيينه مساعداً للرئيس، وبينما كان نواب ومساعدو الرئيس والوزراء يؤدون القسم، كان الحسن قد حجز مقعداً في المقصورة الرئيسية لنادي الهلال لمشاهدة المباراة التي جمعت فريقي الهلال والمريخ، حسب الأنباء التي ترددت يومها. لكن قيادي اتحادي رفيع نفى وجود خلاف بين الميرغني ونجله، قبل أن يؤكد بأن الميرغني الوالد غير راضٍ عن طريقة أداء نجله للحزب خاصة تعامله مع القيادات التاريخية في الحزب، واستدل على حديثه بإبلاغ الميرغني لابنه بأنه لم يفصل أي قيادي في تاريخه، لذلك عليه التراجع عن قرار الفصل الذي أصدره في مواجهة الحرس القديم، وأشار ذات القيادي إلى أن خصوم الحسن في الحزب هم وراء شائعة وجود خلاف بين الميرغني ونجله، وقال إن الذين وصفهم الحسن بالشياطين "هم خصومه داخل الحزب". تصريحات مطبوخة غير أن القيادي بالحزب الاتحادي الأصل علي نايل، يرى أن "الحقيقة تبدو غير واضحة داخل الحزب الاتحادي"، وأوضح نايل الذي يقف على مسافة واحدة من التيارين المتصارعين داخل الحزب، أنه بات غير مطمئن من صحة التصريحات المنسوبة للميرغني، في إشارة إلى أنها غير صحيحة. وأضاف نايل في حديثه ل(السوداني) أن "الأخبار المتداولة باسم الميرغني تبدو مطبوخة ونحن غير مطمئنين لها"، وقال إنه لم "يسمع تصريحاً للميرغني يشير فيه إلى أنه لم يفوض نجله لإدارة الحزب"، قبل أن يشير إلى أن التيارين المتصارعين داخل الاتحادي "متشابهان ولا فرق بين الحسن والتيار المناوئ له". وحول الخلاف بين الحسن ووالده، استبعد نايل وجود خلاف بينهما، قبل أن يتهم جهات من خارج الحزب –لم يسمها- بالوقوف وراء الشائعات، وأضاف "هناك جهات مستفيدة من الصراع وتعمل على اإشعال الفتنة داخل بيت الميرغني". كاتم الأسرار مؤخراً، بات الميرغني يستعين بقيادات مناوئة لنجله الحسن، وقرب منه بعض قيادات الحرس القديم أبرزهم حاتم السر سكينجو، والخليفة عبدالمجيد، كبير الخلفاء في الطريقة الختمية، إضافة إلى حسن مساعد "كاتم أسرار الميرغني". ويؤكد قيادي اتحادي رفيع، أن خلافاً كبيراً برز داخل الاتحادي، وأصبح هناك تياران أحدهما يتزعمه الحسن ومعه عدد من القيادات الوسيطة ونواب الحزب في البرلمان، والتيار الثاني يتقدمه حاتم السر، بابكر عبدالرحمن، جعفر أحمد عبدالله، طه علي البشير وأحمد سعد عمر. ويشير القيادي الاتحادي، إلى أن التيار المناوئ للحسن نجح في تعطيل تمدده وقطع الطريق أمامه مستفيداً من علاقته بوالده، مشيراً إلى أن موافقة المؤتمر الوطني على تعيين مناوئي الحسن في الحكومة "بمثابة بداية النهاية للحسن وأكبر دليل على ضعفه". خلافات أبناء الميرغني بلا شك إن أي تيار غير مدعوم من أسرة الميرغني، لن يستطيع أن يتمدد داخل الحزب، لذلك لجأ التيار المناوئ للحسن إلى التقرب من أبناء الميرغني أبرزهم جعفر الصادق، ونجحوا في استقطابهم لتيارهم عدا الحسن. وبحسب مصادر رفيعة تحدثت ل(السوداني)، فإن العلاقة بين الحسن وأشقائه أصابها قليل من الجفا، وقالت المصادر إن الخلافات بسبب طريقة إدارة الحسن للحزب وفصله لقيادات تاريخية ظلت لصيقة بوالدهم منذ سنوات، لكن بالمقابل هناك شواهد تفند ذلك، أبرزها تمسك الميرغني بإعادة ترشيح ابنه في منصب مساعد أول الرئيس وقيادته للحزب في الداخل، إضافة إلى عدم ترشح أحد اشقائه في الحكومة. على كلٍ فإن الصراع بين الحسن والتيار المناوئ له لن يتوقف، وسيستخدم التياران جميع الأسلحة في سبيل الانتصار، على الرغم من أن الحسن فشل في الجولة الأولى بخروج مناصريه من الحكومة، لكن الجميع في انتظار الجولة الثانية من الصراع حول حكومات الولايات، فهل سينتصر الحسن ويبقي على ممثلي الحزب الحاليين بالولايات، أم سينتصر التيار المناوئ له ويرشح قيادات جديدة ؟ هذا ما ستكشفه الأيام القادمة.