أكدت وزارة التعليم العالي والبحث العلمي عدم تسلمها أي قرار رئاسي بإعفاء طلاب دارفور من رسوم الجامعات، في وقت استبعدت فيه إدارة جامعة الجزيرة أن تكون قضية الرسوم هي السبب الأساسي وراء الأحداث التي شهدتها الجامعة. ومؤكدة أن مسؤولية تحديد الفاعل في وفاة الطلاب تقع على عاتق النيابة التي شرعت في التحقيق، في حين أكدت عدم ملاحظتها لأي آثار غريبة على جثث الطلاب بالمشرحة. وأقر وزير التعليم العالي بروفسير خميس كجو كندة بتباطوء الجهات المعنية بتفسير أو تعريف الطلاب المعنيين بالإعفاء من الرسوم باتفاق الدوحة، لافتا إلى أن اتفاقية أبوجا نصت على التزام وزارة المالية بسداد الرسوم الجامعية عن الطلاب المتأثرين بالحرب لمدة خمس سنوات فقط، وقد انتهت مدة الإعفاء منذ العام 2010م. وأكد الوزير صدور قرارات ملزمة للجامعات بفرض رسوم التسجيل واجبة السداد على جميع الطلاب، بما فيهم المعفيين، مشيراً إلى تجاوز تسجيل الطلاب بجامعة الجزيرة نسبة 90% وقطع بأن المشكلة ليست هي الرسوم. ومن جهته برر بروفسير محمد عمر وراق مدير الجامة تدخل الشرطة بالحرم الجامعي بهدف السيطرة على الوضع الأمني في أعقاب تصاعد وتيرة العنف واقتحام الطلاب للقاعات وإخراج الأساتذة وإشهار بعضهم للأسلحة مشيراً إلى رفض الطلاب للخيارات التي طرحتها إدارة الجامعة لحل مشكلة الرسوم، في حين نفى فقدان أي طالب آخر من الجامعة وإخلاء سبيل جميع الطلاب الذين لم تضبط بحوزتهم أسلحة، وكشف عميد شئون الطلاب بجامعة الجزيرة رضوان أحمد اكتمال تسجيل طلاب دارفور بنسبة 78% بالكليات العلمية، لافتاً إلى وجود 187 طالب من ولايات دارفور بالدفعة الجديدة.