تواثقت أحزاب حكومة الوحدة في السودان على حماية حقوق الناخبين على حق تقرير مصير الجنوب، بما في ذلك حق التسجيل. وحذرت الأحزاب من مغبة التأثير على الراغبين في عملية التسجيل، وأجمعت على مذكرة تم رفعها إلى المفوضية وطلبت المذكرة مزيداً من التبصير والتوعية للمواطنين بأهمية التسجيل والمشاركة في عملية الاستفتاء. وقال الناطق باسم المؤتمر الوطني فتحي شيلا إن على الحركة الشعبية إلزام منسوبيها من التأثير على المواطنين ومنعهم من التسجيل. و حول الاتهامات المتبادلة بين المؤتمر الوطني والحركة الشعبية قال شيلا" "نحن لم نتهم الحركة الشعبية، على الرغم من علمنا أن غالبية أعضاء مفوضية الاستفتاء ناشطون في الحركة مثال ذلك بعض الضباط في مراكز التسجيل". وزاد: "نحن الآن ندعو الجنوبيين للمبادرة بتسجيل أسمائهم، بينما تعمل الحركة على إعاقة ارتفاع نسبة التسجيل حتى لا تصل إلى 60% حسب الاتفاقية". ومن جهته، رهن ديفيد ديشان رئيس الجبهة الديمقراطية لجنوب السودان اعترافهم بنتائج الاستفتاء بإتاحة الفرصة للأحزاب الجنوبية للمشاركة في عملية التسجيل والمراقبة. وعزا د. ديشان ضعف التسجيل إلى تدخل الحركة الشعبية وتهديد الجنوبيين بعدم التسجيل، وقال إنه عندما قابل سلفاكير مؤخراً طلب منه أن يكون لهم دور كبير في مراحل الاستفتاء، وأضاف أن الحركة الشعبية تواجه مشكلة كبيرة في الأمن وتمرداً داخل صفوفها.