انتقدت قوى الإجماع الوطني (المعارضة السودانية)، اتفاق التعاون الموقع مع دولة جنوب السودان، ووصفته بأنه لم يحقق أي مكاسب للشعب السوداني، وقالت إن الحكومة بتوقيعها لاتفاق التعاون والحريات الأربع أفقدها أهم كروت الضغط التي كانت تضغط بها على جوبا. وأعلنت عدم التزامها بأي اتفاق توقعه الحكومة لا يحقق مصالح الشعب السوداني. وقال القيادي في قوى الإجماع، محمد ضياء الدين، إن وفد الحكومة السودانية فشل في تحقيق أجندته في التفاوض بتوقيعه على الحريات الأربع والبترول دون حسم الملف الأمني الذي ترتبط به بقية القضايا خاصة ترسيم الحدود وفك الارتباط بين قطاع الشمال ودولة جنوب السودان. وأشار إلى أن أي مهددات أمنية ستنسف الاتفاق نتيجة نشاط المجموعات المسلحة على الحدود وعدم السيطرة عليها.