أصدرت وزارة المالية والاقتصاد قرارا رقم (69) يقضي بزيادة رسوم المياه على محصول الذرة بنسبة 50% على الفدان الواحد، وترك القرار مهمة زيادة تعرفة رسوم المحاصيل الأخرى إلى إدارات المشاريع المختلفة. ووجه خطاب صادر من المالية معنون إلى وزارة الزراعة الاتحادية يحمل توقيع الوزير علي محمود محمد، بأن يكون الحد الأدنى لضريبة ورسوم مياه الري (45) جنيها بدلا عن 30 جنيها للفدان، في وقت وجدت الخطوة انتقادات واسعة من مزارعي مشروع الجزيرة والمناقل. وأعلن عدد من المزارعين بمشروع الجزيرة رفضهم للزيادة وهددوا بطرد الشركات من المشروع، وقال مزارعو قسم الوسط لصحيفة (الأهرام اليوم) أن الزيادة التي فرضت تزيد من ارتفاع تكاليف الإنتاج. إلى ذلك طبق مجلس إدارة مشروع الجزيرة القرار باستصدار منشورات عممها على جميع أقسام وتفاتيش المشروع تقضي بزيادة الرسوم والضرائب إلى 50% عن الضرائب السابقة بزيادة ضرائب فدان الذرة 15 جنيها لتصبح 45 بدلا عن (30) جنيها والفول السوداني (55) جنيها بدلا عن (40) وفدان الجنائن (100) جنيه بدلا عن 60 جنيها وكشف مسؤول بارز بمجلس إدارة المشروع عن خلافات حادة صاحبت نقاش خطابي المالية والزارعة حول بداية سريان التطبيق فيما واجه المزارعون المنشور بانتقادات واسعة ورفض جماعي ، فيما تبرأت شركات الحفر والصيانة والتأهيل من مسؤولية الزيادة ووصفت المنشور بأنه يصعب من مهام التحصيل ويقلل من فرص نجاح الشركات حديثة العهد.