سببت دعوة أمير قطر لعمر البشير لحضور إفتتاح منتدى تحالف الحضارات بالدوحة حرجاً بالغاً لقطر ، حيث اعترضت الأمانة العامة للأمم المتحدة والدول الأوروبية وهددت بالإنسحاب ، واضطر أمير قطر تفادياً للحرج إلى إبقاء عمر البشير بمقر إقامته ومقابلته بها . وإحتجت الأمانة العامة للأمم المتحدة ودول أوروبية لدى قطر لدعوتها عمر البشير المطلوب للمحكمة الجنائية الدولية بتهم تتعلق بجرائم حرب وجرائم ضد الإنسانية. وافتتحت الشيخة موزا بنت ناصر حرم الشيخ حمد بن خليفة آل ثاني أمير دولة قطر المنتدى. وأوضحت مصادر أوروبية أن عمر البشير الذي وصل قطر بالفعل اضطر إلى عدم المشاركة في الافتتاح ، فيما فسر وزير الخارجية السوداني غياب البشير في تصريح مقتضب للصحفيين عقب الافتتاح : (الرئيس لم يتغيب قصدا إنما هناك أمر جمعه مع أمير دولة قطر لتطوير بعض الحوار حول القضايا الثنائية بين البلدين). وفي كلمة افتتاحية دعا بان كى مون الدول التي تشهد أحداث الربيع العربي في منطقة الشرق الأوسط ، إلى إحداث انتقال سلمي للسلطة ودعم المصالحة الوطنية لتحقيق التنمية المستدامة وإعطائها الأولوية خلال المرحلة المقبلة وضمان حقوق الإنسان لكل شعوب العالم . وأضاف أن مسائل من قبيل دعم العدالة والكرامة والفهم المشترك تعد قيمًا تشكل جوهر تحالف الحضارات. وقال بان كي مون إن الإنسانية تعيش مرحلة مهمة في تاريخها، وإن الوقت قد حان لتوسيع شبكة الحوار بين الشباب وتعزيز البرامج الخاصة بالمرأة وتوفير فرص العمل والوظائف الكريمة، داعيًا إلى بناء عالم أكثر أمنًا وتسامحًا.