تتباين أحزاب تحالف جوبا في طرحها بشأن الدعوة للوحدة، إذ يرى البعض أن الوحدة تتحقق بالدعوة لمؤتمر دستوري لكافة القوى السياسية، بينما يطالب البعض الآخر بضرورة الحفاظ علي التعايش السلمي في المرحلة الحالية بغض النظر عن نتائج الاستفتاء، في حين توجد قوى أخرى ترى الحل بالإطاحة بالنظام لتحقيق الوحدة بين الشمال والجنوب. من جانبه، يؤكد رئيس الهيئة القيادية لتحالف المعارضة والمتحدث باسمها فاروق أبو عيسى إنهم دعاة وحدة، لكنه حمل شريكي الحكم (المؤتمر الوطني والحركة الشعبية) المسؤولية في عدم قيامهما بواجبهما في الدعوة للوحدة بموجب الالتزام الدستوري. وقال أبو عيسى للجزيرة نت إن المؤتمر الوطني -باعتباره صاحب النصيب الأكبر في قسمة السلطة- يتحمل المسؤولية في أنه دفع المواطن الجنوبي للتصويت لخيار الانفصال. وأوضح أبو عيسى أن قوى تحالف جوبا لديها ميثاق يبني الوحدة على أسس جديدة قائمة على المساواة والعدالة، وتحترم دولة المواطنة القائمة على التعدد الإثني والعرقي والديني على ألا يطغى عنصر على الآخر ولا قبيلة على أخرى وفق نهج الحركة الشعبية للسودان الجديد. ولفت إلى أن هذا المشروع نوقش في اجتماعات التحالف الذي يضم في عضويته الحركة الشعبية لكنه لم يجد استجابة منها على خلفية أن “الحركة كانت تبيت النية للدعوة للانفصال”. واعتبر المتحدث باسم تحالف المعارضة أن الانفصال أمر واقع وتحقيق الوحدة مستحيل “إلا أن تحدث معجزة” متهما المجتمع الدولي نفسه بأنه يحرض الجنوبيين على الانفصال. غير أن القيادي بتحالف قوى جوبا وأمين الشؤون السياسية بحزب المؤتمر الشعبي رأى استحالة تحقيق الوحدة الطوعية بين الشمال والجنوب إلا بإسقاط النظام القائم. وقال كمال عمر ل (الجزيرة نت) إن حزبه والتحالف يقفان مع الوحدة المنصوص عليها في الدستور، مذكرا بأن التحالف ظل ينبه منذ مدة لأزمة الحريات الأساسية، وبالتالي فإن التاريخ لن يرحم المؤتمر الوطني “الذي تسبب في تمزيق وحدة الوطن”. بدوره شدد الحزب الشيوعي، على لسان سكرتير العلاقات الخارجية بلجنته المركزية الشفيع خضر سعيد، على أن الحزب لن يمل من الدعوة للوحدة. ودعا -في حديثه للجزيرة نت-المؤتمر الوطني لتقديم تنازلات في قضية الدين والدولة، وإقامة دولة المواطنة. كما طالب الشعبية بتقديم تنازلات بعدم الدعوة للانفصال، مشددا على أن المخرج يكمن في عقد مؤتمر دستوري جامع ولقاء مائدة مستديرة تشارك فيه كل القوى السياسية. من جهتها أكدت القيادية بحزب الأمة وعضو تحالف المعارضة مريم الصادق المهدي أن حزبها مؤمن بوحدة السودان “لكن الآن وصلنا إلى نهايات المرحلة الانتقالية، والجميع يعلم أن الانفصال أصبح واقعا”. وحملت في تصريح للجزيرة نت الشريكين المسؤولية بسبب خلافاتهما المستمرة، وكذلك المجتمع الدولي “الذي يعزز خيار الانفصال للمواطن الجنوبي”. واتهمت مريم المهدي المؤتمر الوطني بأنه نفر الجنوبيين من الوحدة “بسياساته وخطابه الإعلامي وتصريحات كبار قادته العنصرية والسالبة بمنع المواطن الجنوبي من الحقوق الانسانية حال انفصال الجنوب”. كما اتهمت الشعبية بأنها هيأت أجواء الانفصال بتعبئة الجماهير عبر المنشور الذي صدر بأجهزة الإعلام بمطالبة المواطنين بالتصويت للانفصال، ورأت أن الوقت قد مضي للدعوة للوحدة محذرة من أن قضايا ما بعد الاستفتاء -إذا لم تعالج- ستكون مدخلا لإشعال نار الحرب. واختتمت القيادية بالأمة حديثها بالقول إن حزبها سيبدأ الترويج للوحدة على أسس جديدة، والسعي لإنشاء مجلس رئاسي يضم كل قادة القوى السياسية يدير شؤون البلاد حتى يرضى الجميع بنتيجة الاستفتاء.