أوقفت جامعة نيالا مرتبات ما لا يقل عن 70 من هيئة التدريس بالجامعة في خطوة تعكس همجية النظام. وعبر عدد من اساتذة الجامعة عن سخطهم وغضبهم علي هذه الخطوة ، و كشفوا في رسالة إلى عمر البشير ووزير تعليمه العالي أن سبب وقف المرتبات هو أن ادارة الجامعة استخرجت قائمة باسماء الأساتذة الذين قاموا بسحب بعض المستندات من ملفاتهم بادارة شئون الافراد لإكمال إجراءات خاصة بهم ، وأن اغلبهم فعل ذلك بغرض التقديم للدراسات العليا ، وقد طالبتهم ادارة الجامعة بارجاءها دون تحديد سقف زمني ، إلا أن الإدارة أوقفت مرتباتهم لشهر ديسمبر ،رغم ان اغلبهم قد اعادوا هذه المستندات، واعتبروا أن الإدارة استغلت الفرصة لاهانة هيئة تدريسها ، و شكا عدد من اساتذة جامعة نيالا من أن ادارة الجامعة أجرت قبل ذلك تسوية مع وزارة التعليم العالي بحقوقهم لعامي 2008م و2009م ، إلا أن الإدارة لم تف بالتزاماتها في دفع المسحتقات ونوهو إلى عدم وجود اي فقرة او مادة في قانون الخدمة المدنية تربط المرتب بتأخير مستند تم سحبه، معتبرةً أن هذا التصرف يدل بشكل واضح ان الادارة تعمل علي تعكير صفو الجامعة ومحاولة منها لطرد الاساتذة وتنفيرهم . وناشد الأساتذة عمر البشير ونائبيه ووزير التعليم العالي بوضع حد لمشاكل الجامعة المتكررة.