طالب المركز الأفريقي للسلام والعدالة السلطات لتسهيل ودعم تنفيذ التوصيات التي أعلنتها لجنة المفقودين والمتعلقة بدفن الجثث مجهولة الهوية واختصاصات اللجنة المكلفة بدفنها. ودعت لجنة المفقودين السلطات السودانية إلى إيقاف عمل لجنة دفن الجثث مجهولة الهوية التي تم تعيينها في يونيو الماضي، وإلغاء قرار النائب العام السوداني الصادر في سبتمبر الحالي. كما طالبت اللجنة بإعادة الفريق الطبي الأرجنتيني الدولي إلى السودان وضمانه وصوله الكامل إلى المستشفيات لتمكينه من إكمال الأعمال التي بدأت في يوليو 2021. وطالبت اللجنة بالتأكد من الالتزام بالإرشادات والبروتوكولات الطبية الخاصة بالتعرف على الجثث في المشارح بالخرطوم، واستخدام التكنولوجيا المتقدمة مثل الأقمار الصناعية لتحديد أماكن المقابر الجماعية. وضمنت قائمة التوصيات تشكيل لجنة تحقيق محايدة وموضوعية تضم أعضاء من نقابة المحامين السودانيين ونقابة الصحفيين ومبادرة المفقودين (مجموعة مناصرة للمجتمع المدني). وذلك لإجراء تحقيقات في حالات الاحتيال الجديدة واستخراج الأعضاء البشرية من الجثث من قبل بعض الأطباء السودانيين. كما طالبت بإجراء تحقيقات في قضايا الجثث مجهولة الهوية المرسلة إلى دولة الإمارات العربية المتحدة للفحص في عام 2021 من قبل مكتب النائب العام. وأشارت لجنة التحقيق عن المفقودين في بيانها إلي مشاكل كبيرة تتعلق ببروتوكولات دفن الموتى والتحقيق عن المفقودين. حيث ترى اللجنة أن أفضل نهج في التعامل مع الجثث المجهولة الهوية هو ذلك الذي يتوافق مع الأساليب الطبية الفنية وعناصر التحقيق الخاصة بالأشخاص المختفين قسرا. وبناء على ذلك أكدت أنها لن تشارك أو تشرف على أي عمل متعلق بلجنة دفن الجثث. وبحسب اللجنة، تم رصد حالات تم فيها الإبلاغ عن دفن بعض الجثث التي اتضح لاحقا للجنة الدولية لشؤون المفقودين ان نفس الجثث كانت لا تزال داخل المشرحة، ومن الأمثلة على ذلك جثة تحمل الرقم 123 لمحمد إسماعيل أبوبكر، المُعروف أيضًا باسم "ود عكر". و أبانت تحقيقات اللجنة أيضا انه تم نقل بعض الجثث من حادثة 3 يونيو 2019 إلى المشرحة بعد 3 أشهر من تاريخ الحادث. ودُفنت بعض الجثث دون إجراء تشريح طبي لها، كما أن بعض الجثث لم تعد لضحايا مجزرة يوم 3 يونيو. وتتلخص أهمية لجنة المفقودين في حالتين إحداهما للشهيد قصي حمدتو، الذي تم تسجيله في عداد المفقودين بعد حادث 3 يونيو 2019.ليتم اكتشاف جثته في المشرحة بعد 3 أشهر من تاريخ اختفائه. والأخرى للشهيد بهاء الدين نوري، الذي توفي نتيجة التعذيب، و الذي بعد تشريح جثته أشار التقرير إلى "ارتفاع في ضغط الدم" كسبب للوفاة.
