وكأنه كان جنوبياً، ولم يولد في قرية شلعوها الخوالدة الوادعة بالجزيرة، وينشأ في قرية صرار على مقربة من الحصاحيصا، ويتلقى تعليمه الأولى والأوسط بالمحيريبا، والثانوي بحنتوب ويدرس في جامعة الخرطوم، اختفى د. محمد يوسف أحمد المصطفى القيادي السابق بالحركة الشعبية عن واجهة الأحداث منذ إنفصال الجنوب، إنفصال رآه خيانة من الحركة للمبادئ الوحدوية التي سارت عليها على أيام قرنق من الناحية الظاهرية على الأقل، فهاجمها في الهواء الطلق من على فضائية أم درمان، ثم غاب من وقتها عن دوائر الفعل السياسي، ولا يعرف الكثيرون على وجه التحديد ما إذا كان الوزير والقيادي السابق د. محمد يوسف أحمد المصطفى، مازال بالبلاد مواصلاً في تدريس طلاب كلية الإقتصاد جامعة الخرطوم، أم غادر البلاد، والحركة الشعبية كذلك لحين إشعار آخر.