كان لضغوط القوى الأجنبية، وفى مقدمتها إسرائيل ، دور كبير فى تأليب دول منابع النيل ضد دول المصب، وسعت اسرائيل للحصول على المياه من خلال (المحاصرة )، ما لم تستطع الحصول عليه عبر سياسة ( المحاصصة )، حيث تطمع إسرائيل فى الحصول على حصة من مياه نهر النيل، تقدر مبدئياً بمليار متر مكعب سنوياً، قابلة للزيادة ، وذلك لمجابهة احتياجاتها المائية المتزايدة ، لأغراض الري ، والتوسع الاستيطانى، وفى ظل رفض مصر لاستخدام مياه النيل خارج حوض النيل ، لجأت إسرائيل إلى محاصرتها، وقد اسهمت هذه العوامل فى حدوث استقطاب فى المواقف بين مصر والسودان من جهة ، ودول المنابع من جهة أخرى، الأمر الذى دفع معظم دول المنابع إلى التوقيع بشكل منفرد على اتفاق جديد لتقنين الأوضاع والعلاقات بين دول حوض النيل، عرف ب(إتفاق عنتيبي) . وعقب انفصال دولة الجنوب عن السودان وجدت اسرائيل ضالتها، مختصرة فى ذلك طريقا طويلا، ووقعت أول اتفاقية دولية مع دولة جنوب السودان خلال الأيام القليلة الماضية، حيث وقعت شركة الصناعات العسكرية الإسرائيلية المحدودة اتفاقية تعاون للبنية التحتية المائية والتنمية التكنولوجية مع دولة جنوب السودان. وفى ذات السياق نقلت صحيفة (جيروزاليم بوست) الإسرائيلية، في نسختها الإلكترونية عن أوزي لانداو وزير البنية التحتية الإسرائيلي قوله (نعتبر هذا الحدث تميزا كونه أول اتفاقية تبرم مع الدولة الجديدة مؤكداً استمرارهم في بذل ما في وسعهم لدعم أصدقائهم في جنوب السودان، وأوضحت الصحيفة الإسرائيلية أن زفيكا فوكس نائب رئيس شركة الصناعات العسكرية الإسرائيلية المحدودة للاستراتيجيات والتسويق وقع على إطار اتفاق مع أكيك بول ما يوم وزير المياه والري بدولة جنوب السودان ترسي خططا للتعاون بين الدولتين بشأن الري ونقل المياه وتحليتها وتنقيتها، وتقضي بنقل الخبرات الإسرائيلية في مجال تحلية ونقل المياه وإقامة بنية تحتية للصرف والري وإقامة مشروعات أخرى لاستخراج الطاقة دون أي تفاصيل، وبالتالى تُمكن الاتفاقية (تل أبيب) من الوجود رسمياً في إحدى دول حوض النيل، وهي دولة جنوب السودان، مما يشكل خطراً حسبما يرى بعض الخبراء، على مستقبل حصة مصر من المياه. وفى السياق قلل عدد من الخبراء من الآثار التي يمكن أن تترتب على قيام دولة جنوب السودان بتوقيع اتفاقية مع اسرائيل بشأن المياه، وتأثيراته على الأمن المائي للسودان ومصر ، بواقع أن جنوب السودان يعاني من وفرة فى المياه ، سواء من المياه المتدفقة نحوه من أوغندا أو إثيوبيا، أو من مياه الأمطار التي تسقط عليه مباشرة لمدة تتراوح بين ستة الى تسعة أشهر في العام، كما تشير كل الدلائل الى أن جنوب السودان ليس في حاجة لتخزين كميات إضافية من المياه، كما انه لا يمكن من الناحية الفنية إقامة مشروعات لتخزين المياه لمنع تدفقها إلى شمال السودان، وأن الجنوب سيغرق فى بحيرة مياه، كما يساعد ذلك على انتشار المستنقعات الضخمة. ووصف المهندس يحيى عبد المجيد وزير الرى الأسبق اتفاقية اسرائيل مع جنوب السودان (بالسياسة الخرقاء)، وقال يحيى فى حديثه مع (الرأي العام): ان الغرض من توقيع الاتفاقية خلق توترات اضافية فى المنطقة بجانب التوترات القائمة اصلا، وناشد القائمين على الأمر بالنظر إلى الامور ومعالجتها بحكمة وحنكة، بعيدا عن خلق توترات جديدة، مبيناً ان الاجندة الاسرائيلية ليست المياه، وان المنطقة لا تحتاج الى صراع مياه، وأسبابها كثيرة، وصعب من عملية نقل المياه من الجنوب إلى اسرائيل، واكد أن الاتفاق لا معنى له لاسرائيل أو جنوب السودان، والجنوب بطبيعته منطقة فواصل وحوض مياه ومستنقعات، واضاف: عندما حاولنا تحويل مياه المستنقعات عبر قناة جونقلى قامت الدنيا ولم تقعد، ودولة الجنوب غير قادرة على تحويل البترول، ناهيك عن نقل المياه، وتساءل يحيى : كيف يتم ذلك وعبر أي الطرق، وقال: من الناحية الفنية يصعب ذلك ويكلف كثيرا، ووصف تحركات اسرائيل بسياسة (خنق) الدول العربية فى مجال المياه باعتبار ان المياه تأتيها من منابع خارج العالم العربي، نسبة لموقف الدول العربية تجاه القضية الاسرائيلية.