نفى د.نافع على نافع، نائب رئيس المؤتمر الوطني لشؤون الحزب، مساعد رئيس الجمهورية ما يشاع عن وجود خلاف شخصي بينه والنائب الأول لرئيس الجمهورية، وقال إنّ الذي يعرف الأخ علي عثمان ويعرف شخصي، يعرف أن شخصيتينا غير قابلتين لخلاف يتحوّل الى خلاف شخصي أبداً، لأنه ليست هناك منافسة بيننا، وليست هناك مطامع ومقاصد يشعر فيها الآخر بأنّ الآخر يقف عقبة في سبيله. ولكنه لم يستبعد في حوار مع (الرأي العام) بالداخل أن يكون هناك خلاف في وجهات النظر ومنهج العمل والتعبير عنه، وقال: (نحن لا نتحدث عن أشخاص، والاثنان نود أن يُكلف غيرنا). وسخر د.نافع من اتهام البعض له بقيادة المؤتمر الوطني بالحديد والنار والبنادول، وقال: هذا قول اليسار والمعارضة لأنها والحمد لله لم تجد أن تقول غير ذلك، وأشار إلى أن كل الذين عملوا معه يؤكدون بأنه يدير العمل بكثير من الشفافية والشورى والديمقراطية عكس ما هو مشاعٌ. وأقرّ نافع، بأنه ليس اجتماعياً بالقدر المطلوب (لا مع الخصوم ولا مع غير الخصوم)، وأكد أن حدة المواقف لا تترك ترسباً في نفسه يحول دون التواصل مع الآخرين، وأشار إلى أن لديه علاقات قوية مع اليسار ومع كل الأحزاب السياسية. وقال د. نافع إنه يمارس السياسة ولكنه لا يحبها، ونوه إلى أنّ الظهور في السياسة يحتاج إلى كثير من الطبع الذي ليس محبباً إلى نفسه. وأشار إلى أنه يفضل العمل التنظيمي على العمل السياسي المفتوح، ودافع عن الطريقة التي يخاطب بها مع المعارضة، وقال إن الطريقة الواضحة ضرورية للدفاع عن قضيتنا ومشروعنا وفكرتنا وإبطال الباطل الذي يحاول أن يستعلي عليها، وأوضح أنه لا يبادر بالحديث بحدة وإنما حديثه يأتي رداً على تطاول آخرين. ونفى د. نافع أن تكون تجربته الأمنية خصماً عليه، وقال إنه لم يكن راغباً فيها ابتداءً ولكنه لا يستشعر حرجاً فيها لجهة أنهم كانوا يؤدون وظيفة هي لتوطين هذه الفكرة والمشروع ولتثبيت السودان وتركيز استقلاله، وأضاف أنّ أيِّ عمل لصاحب المشروع والفكرة لا يمكن أن يسمى خصماً عليه مهما كانت تكلفته الشخصية. وأكد د.نافع، أنه لم يشعر بهزيمة على المستوى الشخصي بعد رفض اتفاق (نافع - عقار) لأنهم وجدوا الرأي الغالب في المكتب القيادي على غير ما رأوا، وتابع: (يمكن أن نكون استغربنا أو شعرنا بأن هنالك حقائق لم تستجل أو هناك موقفاً عاطفياً صنعه الرأي العام هو الذي أدى إلى هذا الموقف)، وأضاف: (أنا لا أرى هنالك حديثاً عن ضرورة الرجوع إلى اتفاق (نافع - عقار) إلاّ إذا كان الذين يقولون بذلك عندهم في أنفسهم هوى وغرض مستبطن غير الذي نعرفه نحن).