الملاريا ذلك المرض الخطير الذي اكتسح البلاد خاصة في المناطق الزراعية و المنطقة المروية بوسط السودان على وجه الخصوص. ولانتشار الملاريا أسباب متعددة فقد تعرضت منطقتا الجزيرة و المناقل بجانب شرق الجزيرة و أم القرى إلى إصابات عديدة ولكن لا ترقى لدرجة الوباء بين سكان الجزيرة البالغ عددهم نحو الأربعة ملايين نسمة يقطنون في مساحة وقدرها (35.000 .2 ) و يتعايش السكان في ظروف مناخية ساعدت على انتشار الطفيلي الناقل للملاريا الأنفوليس العربي . فقد صنفت الملاريا بالمنطقة ضمن الأمراض المتوطنة و أصبحت تؤثر تأثيراً ملحوظاً على قوى المزارعين بل أثرت على كل القوى المنتجة من العاملين الأمر الذي أثر على القدرة الجسمانية و الذهنية و ضمور في عجلة الإنتاج و عجز في الدخل المادي، و بالتالي أدى بدوره لعجز في الدخل القومي. و حصلت (الرأي العام) على إفادات من الجهات المختصة (إدارة الملاريا بوزارة الصحة بالجزيرة أن هناك أربعة أنواع من طفيليات الملاريا وهي : (بالزموديوم - فالسبارم - فيفاكس - ملاري -أقالي)، وكشفت مصادر الصحة أن أخطر أنواع طفيل الملاريا هو البلازموديوم فالسبارم . و نبه المسئولون بالصحة أن الحميات ليست كلها ملاريا و يتوجب مقابلة الكادر الصحي عند الشعور بأعراض المرض . وقال د. الفاتح محمد مالك وزير الصحة بولاية الجزيرة وهو يكشف عن جهود المسئولين في مكافحة أمراض الملاريا ،مشيراً إلى إعلان أبوجا 2000-2010م الذي وقعه رئيس جمهورية السودان في 25 أبريل من العام 2000م في اجتماع ضم (44) رئيس دولة، و اتفق القادة الأفارقة و تواثقوا على العمل الجاد و الدؤوب و تسخير كل الجهود و الطاقات للقضاء على مرض الملاريا كمهدد للشعوب الأفريقية و معوق للتنمية، و كان التزامهم من أجل ذلك خفضت إصابات ووفيات الملاريا بمعدل النصف بحلول العام 2010م . إلا أنه بحلول العام الماضي 2012م ارتفعت إصابات الملاريا بالجزيرة إلى نحو 9،3% بين السكان ولكن سلطات وزارة الصحة كشفت أن أكتوبر المقبل من هذا العام قد ترتفع الإحصائيات إلى أكثر من 10% . ودافعت سلطات صحة الجزيرة بقولها إن هنالك مهددات تجعل الدعم المالي غير كاف من اجل نجاح أي مشروع لمكافحة الملاريا إلا ان الأمر ذهب الى تقديم جامعة الجزيرة مبادرة للدولة مشروع متكامل يهدف لإجراء مكافحة شاملة للملاريا بوسائل متعددة للمكافحة تسهم فيها كل مؤسسات الجامعة العلمية و الفنية بالبحوث و تصعيد المشروع ليصبح قومياً لمكافحة الملاريا، و اقترحت الجامعة ميزانية قدرها (35.7 مليون دينار آنذاك) و قد يتضاعف المبلغ حالياً وقدمت الجامعة إحصاءات دقيقة عن عدد القرى بالجزيرة يبلغ (5000) بجانب الكنابي العشوائية و تبلغ (1061) و عدد إجمالية الغرف (1.329.982) جملة الأمتار المربعة المراد رشها (62.509.295 م2) .