استبعد شريكا الحكم المؤتمر الوطني والحركة الشعبية حدوث كونفدرالية بين الشمال والجنوب لمخالفته نص اتفاقية السلام والدستور الانتقالي لسنة 2005م مؤكدين ان الاستفتاء القادم يفضي الي وحدة او انفصال فقط وقال الدكتور اسماعيل الحاج موسى نائب رئيس مجلس الولايات في برنامج مؤتمر إذاعي أمس من الصعب العمل في اتجاه كونفدرالية بنص اتفاقية السلام والدستور الانتقالي والالتزام الأخلاقي والقانوني بهما مؤكدا أن الاستفتاء القادم يؤدي إلى الوحدة او الانفصال وزاد موسي ان الوقت لا يسمح بتعديل الدستور او الاتفاقية حتي يتم تدارك الانفصال وحذر موسى من مشاكل الحدود والعملة في ظل واقع جديد ينتج عن انفصال الجنوب.