أجازت الهيئة التشريعية السودانية قانون استفتاء جنوب السودان للعام 2009م في مرحلة العرض الرابع والأخير . ونص القانون علي اجراء الإستفتاء في التاسع من يناير 2011م قبل ستة اشهر من نهاية الفترة الإنتقالية. وقد أجمع نواب الهيئة التشريعية القومية التي تضم أعضاء البرلمان السوداني ، ومجلس الولايات اجمعوا علي موافقتهم علي مشروع القانون الذي يتكون من سبعة فصول حوت 69 مادة ، عدا فقرة واحدة في المادة 27 من القانون والتي ادي الخلاف حولها إلي انسحاب نواب كتلة الحركة الشعبية لتحرير السودان . وحدد القانون الإجراءات المتعلقة بمفوضية استفتاء جنوب السودان من حيث الإنشاء ، المقر ، واستقلاليتها المالية والإدارية والفنية بجانب تكوينها وكيفية تشكيل عضويتها . وحدد القانون كيفية تنظيم الاستفتاء في جنوب السودان والمواقع الاخري وماهية إجراءاته المتمثلة في أنشاء مكتب الاستفتاء بجنوب السودان واللجان العليا والفرعية وتشكيلها في ولايات الجنوب وبالمقاطعات ومراكز الإستفتاء بمقاطعات جنوب السودان في المواقع الأخرى التي حددت بشمال السودان وإثيوبيا ، كينيا ، يوغندا ، استراليا ، بريطانيا ، الولاياتالمتحدةالأمريكية ، كندا ، ومصر . وتناول القانون شروط الناخب وإجراءات الإقتراع وضرورة أن يشارك في الإقتراع نسبة لاتقل عن 60% من عدد الناخبين المسجلين وكيفية عد وفرز الأصوات انتهاءاً بإعلان النتيجة ليكون الخيار الفائز هو الذي يحصل علي نسبة 50% زائدا (1) . ونص القانون علي اعتماد المراقبين واختصاصاتهم وكيفية سحب ذلك الاعتماد بجانب تمويل الاستفتاء والاستعانة بالمعينات الفنية والتقنية والإلتزام بنتيجة الاستفتاء وترتيبات مابعد الاستفتاء وفقاً لما تقرره نتيجة الاستفتاء بأحد الخيارين إما الوحدة أو الإنفصال وما يمكن ان يرتبه ذلك علي طرفي اتفاقية السلام فيما يخص الجانب الموضوعي من الاستفتاء إذا كان الخيار هو الوحدة أو الإنفصال وما يمكن ان يتم الإتفاق عليه في حالة الانفصال بخصوص الجنسية والخدمة العامة ووضع الوحدات المشتركة والمدمجة والإتفاقيات والمعاهدات الدولية ، الأصول والديون ، حقول النفط وإنتاجه وترحيله وتصديره وأثره ذلك علي البيئة والمياه والملكية وأي وسائل موضوعية أخري قبل أنتهاء الفترة الإنتقالية . وأكد الدكتور غازي صلاح الدين أن المادة (27 ) في البند (3) تقيد بصورتها الراهنة فالجنوبي ذي أصول جنوبية في الشمال لا يستطيع أن يدلي بصوته إلا إذا ذهب وسجل في جنوب السودان وهذا يقيد الحق الدستوري.