مع أن نسبة الذين يدينون بالديانة الإسلامية في جمهورية جنوب السودان لا تقل عن (35%) وقد تتساوي أو تزيد قليلاً عن نسبة المسيحيين فيما تقل عنها نسبة الوثنيين أو من لا ديانات سماوية لهم، إلاّ أن الواقع الذين يعيشونه بعد قيام الدولة الجنوبيةالجديدة يعد بكافة المقاييس واقعاً مزرياً ومؤسفاً. فعلي سبيل المثال خلت التشكيلة الحكومية من المسلمين بما يساوي نسبة وجودهم هناك، كما تراجعت وعلى نحو حاد نسبة التصديق ببناء المساجد وهو أمر يبدو أنه سياسة منهجية ورسمية لحكومة جنوب السودان سواء عبر وضع مصاعب وعراقيل أمام طالبي الترخيص، أو عبر التسويف والمماطلة بما يوحي بعدم الرغبة في منح الترخيص. تلاحظ أيضاً وفقاً لمتابعات (سودان سفاري) التضييق الواضح للمنظمات الإسلامية التي تعاون المسلمين في إدارة شئونهم الاجتماعية كالمعاهد ودور حفظ القرآن، وتقديم الرعاية الطبية. هذه المنظمات الإسلامية لم يعد لها وجود في جمهورية جنوب السودان، وبالمقابل فان المنظمات الكنسية تجد الطريق سالكاً أمامها وتنتشر انتشاراً كثيفاً في أرجاء عديدة من الجنوب وتحرص – للأسف الشديد – على مضايقة المسلمين الجنوبيين للضغط عليهم للتراجع عن دياناتهم، خاصة وان أعداداً كبيرة من المواطنين الجنوبيين العائدين تواً عقب قيام الدولة يجدون صعوبة في المعيشة والحصول على الخدمات الأساسية من صحة وتعليم وغيرها. بجانب ذلك فان هناك (سياسة خفية) لهدم دور العبادة الإسلامية، كالمساجد والزوايا الصغيرة وخلاوي تحفيظ القرآن تحت دعاوي هندسية مثل ما حدث بشأن مسجد خاص بمنظمة البر الدولية حيث أزيل تماماً بحجة وجوده على طريق عام وهناك ضرورة لتوسعة هذا الطريق! أن أزمة المعاملة السيئة التي باتت تصل حد التفرقة العنصرية حيال مسلمي جنوب السودان هي أزمة حقوقية من الدرجة الأولي فهؤلاء المواطنين هم مواطنون جنوبيين من حقهم أن يدينوا بأي ديانة أرادوا، والديانة الإسلامية واحدة من الأديان السماوية ومن المؤكد أن هذا السلوك لو كان يجري حيال المسيحيين أو غير المسلمين بصفة عامة في جمهورية السودان، لقامت المنظمات الحقوقية ولم تقعد ولصدرت مئات قرارات الإدانة من مجالس حقوق الإنسان. وتشير متابعات سودان سفاري أن حكومة جنوب السودان ترتكب بهذه السياسة الخاطئة خطأً استراتيجياً يهدد الدولة الجنوبية ومن الممكن أن يؤدي إلى خلخلة بنياتها السياسي والاجتماعي عاجلاً أم أجلاً، فهناك الآن ضيق وضجر من قبل مسلمي الجنوب بحيث بدأت تتبلور رؤى وأفكار معادية للحركة الشعبية، خاصة وان الحركة كانت وإلى عهد قريب تفاخر بأنها حركة لكل السودان وأن بداخلها المسيحيين والمسلمين واللا دينيين وأنها لا تمس شعائر وعقائد الناس باعتبارها حقوقاً إنسانية خالصة لهم. الآن وحالما أصبحت الحركة الشعبية سلطة حاكمة لدولة سرعان ما تبدلت الأمور وأصبحت تحارب المسلمين حرباً لا هوادة فيها. ما لم تدركه الحركة الشعبية، هو أن مثل هذه الضغوط من الممكن أن تقود إما لانفصال جديد داخل الدولة خاصة في ظل وجود تداخل مع حدود السودان خاصة في منطقة أبيي المتنازع عليها حيث ينتشر المسلمون، أو أن تدخل في مواجهة مسلحة في المستقبل القريب أو البعيد مع هؤلاء المواطنين الذين يطالبون بحقوقهم الأساسية الإنسانية ولعل الصمت الدولي المريب حيال هذا الوضع النشاز في جنوب السودان من قبيل المعايير المزدوجة المعروفة لدي من يطلق عليه المجتمع الدولي!