أبدت الحكومة الكينية أسفها الشديد لقرار المحكمة الكينية الخاص بتوقيف الرئيس السوداني المشير عمر البشير ، واعتبرته لا يليق برمز سيادة السودان ممثلاً في رئيسه. وتعهدت الحكومة الكينية بإستئناف الحكم على وجه السرعة ، وأفادت الخرطوم برغبة الرئيس الكيني إرسال مبعوث رئاسي خاص لاحتواء الأزمة. وكان قاضي كيني قد أصدر مذكرة توقيف بحق الرئيس السوداني المشير عمر البشير استجابة لطلب تقدم به الفرع الكيني للجنة الدولية للمشرعين ، ومفاده أن كينيا التي وقعت المعاهدة التأسيسية للمحكمة الجنائية الدولية مرغمة على توقيف البشير. وتعرّضت كينيا لانتقادات شديدة من المحكمة الجنائية الدولية وحكومات أجنبية لعدم اعتقالها البشير عندما حضر احتفالاً بمناسبة إقرار دستور جديد لكينيا في أغسطس العام الماضي. جدير بالذكر أن رد الفعل الكيني جاء بعد طرد السودان سفير كينيا واستدعاء سفيرها من نيروبي. وقال وزير الخارجية الكيني موسيس ويتانقولا في بيان أصدره في بومجبورا ببورندي ، إن الحكومة الكينية ستطالب النائب العام الكيني بتقديم استئناف على وجه السرعة بالنظر لأهمية مصالح كينيا وعلاقاتها الإقليمية ، وقال إن بلاده تعبر عن قلقها العميق من هذا الحكم الضار الذي أصدرته المحكمة العليا وستفعل ما في وسعها لحماية العلاقات. وذكر البيان أن كينيا ستستمر في دعم جهود الاتحاد الأفريقي والقرار الذي اتخذه اجتماع الرؤساء الأفارقة في فبراير 2009م والقاضي بالتحذير من محاكمة الرئيس السوداني المشير عمر البشير ، مؤكداً مساندة نيروبي لموقف الاتحاد الأفريقي. وقالت الخارجية الكينية في بيانها إن القرار المحكمة يعتبر إهانة للسودان ورمز سيادته، واعتبرته غير موفق.