اتهمت الحكومة السودانية دولة جنوب السودان بإساءة معاملة السودانيين. وفي تنوير قدمه لرؤساء البعثات الديبلوماسية لدى الخرطوم، قال وزير الداخلية السوداني، إبراهيم محمود حامد، إن جنوب السودان رفض إعادة ممتلكات مواطنين سودانيين صودرت في وقت سابق، وكشف الوزير عن طرد آلاف السودانيين من جنوب السودان بواسطة السلطات هناك منذ إعلان انفصال جنوب السودان العام الماضي. وأنحى وزير الداخلية باللائمة على جنوب السودان في عدم الوصول إلى اتفاق حول ترسيم الحدود بين الدولتين، على الرغم من وصول الطرفين إلى 80% بشأن القضايا الخلافية حول نقاط الترسيم. في غضون ذلك، قال القائم بأعمال السفارة السودانية بجوبا؛ عوض الكريم الريح، إن السفارة السودانية في جنوب السودان شرعت في تسجيل وحصر السودانيين المقيمين في جوبا بهدف تنظيم إقامتهم بدولة جنوب السودان بصورة قانونية وفق قانون وزارة الداخلية, الخاص بتنظيم الأجانب في دولة جنوب السودان.