أدانت منظمة (هيومن رايتس ووتش) في تقرير لها، شروط الاعتقال في دولة جنوب السودان، مشيرة إلى أن ثلث المعتقلين محتجزون بدون إدانة أو أحيانًا بدون ملاحقات قانونية، داعية السلطات إلى الكف عن الاعتقالات التعسفية، وإصلاح ظروف السجون (الرهيبة). وقالت المنظمة: إن إجراءات غير قانونية واعتقالات غير شرعية وظروفًا رهيبة في سجون دولة جنوب السودان، تؤكد ضرورة عاجلة لتحسين النظام القضائي الحديث العهد في البلد الجديد، وندّدت في هذا الإطار بانتهاك حقوق الإنسان والحريات الأساسية. وتابعت المنظمة، أن حوالي ألفي معتقل، أي ثلث السجناء، لم يُدانوا بأية جريمة وبعضهم لم يلاحَق، لكنهم مع ذلك معتقلون لفترات طويلة، وفي أغلب الأحيان بدون مساعدة محامٍ. وانتقدت المنظمة اعتقال مختلين عقليًا، وتكبيل أرجل معتقلين بالسلاسل أحيانًا، والخدمات الصحية غير الكافية، وأوضحت المنظمة إن (15) معتقلاً توفوا السنة الماضية في اثنين من السجون، معظمهم بأمراض يمكن معالجتها.