رحبت الأحزاب السياسية السودانية بالاتفاق على مصفوفة تنفيذ اتفاقيات التعاون المشترك بين دولتي السودان وجنوب السودان ، واعتبرت المصفوفة خطوة إيجابية لبناء علاقات حقيقية ، وطالبت بتوفر الإرادة السياسية لحسم قضايا أبيي والحدود والترتيبات الأمنية. ودعت الأحزاب السودانية ، قوى المعارضة والحركات المسلحة في جوبا والخرطوم للتوافق مع حكومتي البلدين من أجل الوصول إلى اتفاق حول القضايا الخلافية لمصلحة شعبي البلدين. وأكد القيادي بحزب المؤتمر الشعبي المعارض في السودان كمال غعمر تأييدهم الكامل لمصفوفة الاتفاق وكل ما يفضي لتحقيق علاقة حقيقية مع دولة جنوب السودان. من جانبه دعا الأمين العام لمجلس أحزاب حكومة الوحدة الوطنية عبود جابر لتناسي المرارات دون الرجوع إلى الوراء لتمكين شعبي البلدين من العيش في سلام. وقال إن الترحيب الذي وجده توقيع المصفوفة من قبل المجتمع الدولي الذي حث الطرفين على الشروع في معالجة قضايا أبيي والحدود وفقاً لقرارات مجلس السلم والأمن الأفريقي، جاء موافقاً لرأي القيادات السياسية التي ترى ضرورة حسمها.