في مسار الأزمة، وعلي عكس تجاه مجري النيل، أعلنت جهات مسؤولة في الخرطوم أن عمر البشير رئيس الجمهورية سيكون في العاصمة المضطربة جوبا صباح اليوم، في زيارة اعتبرها البعض استباقاً بيوم واحد لزيارة وزير خارجية الجنوب برنابا بنجامين، التي أعلن سابقاً أنها ستتم يوم غد (الثلاثاء)، وتجئ بغرض تسليم رسالة خطية من الرئيس سلفاكير لنظيره البشير، لطلب التوسط لحل الأزمة القائمة. الخطوة عدها البعض خروجاً عن المألوف، وموقف السودان في تطورات الأوضاع في جنوب السودان، وكشفت مصادر ل(اليوم التالي) عن أن زيارة رئيس الجمهورية المفاجئة ستستغرق يوماً واحداً، يلتقي فيه نظيره الجنوبي سلفاكير ميارديت، وبحسب المصادر فإن الزيارة تأتي في إطار مساعي احتواء أزمة في جنوب السودان، ودعم جهود (إيقاد) لحل الأزمة. وتعكس هذه الزيارة وتوقيتها قلق السودان مما آلت إليه الأوضاع السياسية والأمنية في الدولة الوليدة، بعد أن اتفق قادة البلدين علي تطبيق اتفاقيات التعاون التسع، وقد بدأ تأثر الاقتصاد السوداني من هذه الاضطرابات بشكل جلي، سيما وأن أثرها علي تدفقات عائدات تصدير النفط عبر الأراضي السودانية، فلربما أرادت هذه الزيارة إيصال رسالة أساسية لحكومة الجنوب، وأن تعبر عن وقوف السودان مع الشرعية السياسية، مثلما تحمل في طياتها أن السودان حريص علي استقرار الأوضاع في جنوب السودان، لأن الخرطوم نفسها عانت من فعائل تمرد، سبق وأن ساندته حكومة جوبا من قبل. وتذهب تحليلات البعض إلي أن السودان يعي تماماً أن المجموعة المساندة لرياك مشار هي التي حملت لواء العداء ضد السودان، وحرضت التمرد ودعمته، مثل باقان أموم، ودينق ألور، فيما احتفظ قائد المجموعة رياك مشار بخطه المغازل للحكومة السودانية، وهو الذي قال خلال الأيام الفائتة بأنه يضمن انسياب البترول ومنح السودان نصيبه من رسوم النقل والعبور حسب الاتفاق وذلك في إطار مقترحه بوضع عائدات النفط في حساب خارجي. وهي تصريحات تجاهلت الحكومة التعليق عليها.. مشار كان قد أكد في مقابلات إعلامية لاحقة، أم مواقف السودان أقرب ما تكون مساندة لسفاكير وحكومة لاحقة، أن مواقف السودان، الموقف الذي ظل السودان بدوره يؤكد عليه هو أن عمله يجئ تحت مظلة دول (إيقاد) من خلال مشاركة وزير خارجيته علي كرتي، في وفد وزراء خارجية (إيقاد) الذين زاروا جوبا عقب اندلاع الأحداث ومشاركة النائب الأول لرئيس الجمهورية بكري حسن صالح في قمة (إيقاد) بنيروبي. لكن الملاحظ أن زيارة الرئيس إلي جوبا تأتي بعد استرداد مدينة بور الإستراتيجية وبدء المفاوضات بين الطرفين في أديس أبابا كما إن القيادة السياسية في جوبا والرئيس سلفاكير عبرا عن إشادة بموقف السودان وأكد برنابا بنجامين وزير الخارجية في وقت سابق ل(اليوم التالي) وصوله الخرطوم حاملاً رسالة من الرئيس سلفاكير وكذلك عبر عن ارتياح حكومته وتقديرها للدعم الإنساني للمتضررين. زيارة الرئيس البشير تجئ بعد زيارات لقادة الإقليم عقب اندلاع النزاع في الجنوب مباشرة، وهم رئيس كينيا، ورئيس وزراء إثيوبيا والرئيس اليوغندي، الذي أصدر تصريحات نارية هدد فيها بالتدخل العسكري إذا لم يستجب مشار لمبادرة الحوار والتفاوض، وأعقبتها تصريحات للرئيس سلفاكير مطالباً قادة الدول الأفريقية بالتدخل العسكري السريع، رامياً باللوم علي القادة الأفارقة لعدم التدخل فور إعلان الانقلاب. نقلا عن صحيفة اليوم التالي 6/1/2014م