الخطوة التي اقدمت عليها الخرطوم بإغلاقها المراكز الثقافية الإيرانية في العاصمة وبقية الولايات وصفت بالمفاجئة ، حيث طلبت السلطات من الملحق الثقافي الإيراني وطاقم المركز مغادرة البلاد خلال فترة 72 ساعة فقط ، وجاء قرار الحكومة السودانية نابعاً من حالة قلق وتحذيرات أطلقتها دوائر دينية وإعلامية حيال انتشار الفكر الشيعي وسط الشباب السوداني بعد تكثيف الملحقية الثقافية الإيرانية أنشطتها في الخرطوم. فخطوة الخرطوم الأخيرة أتت بعد خروج المراكز الإيرانية عن الأطر الدبلوماسية والقانونية المسموح بها للسفارات في الترويج للثقافات المختلفةلمتعارف عليها دوليا وا، الأمر الذي يؤدي إلى إذكاء نيران الفتن المذهبية والعقدية في الدولة المضيفة. وفي أول رد فعل محلي رحبت الجماعات الإسلامية بقرار السلطات بإغلاق المركز الثقافى الإيرانى بالخرطوم وفروعه بالبلاد بعد إعتباره تهديداً للأمن الفكري والإجتماعي بالبلاد.وقال محمد أبو زيد رئيس اللجنة السياسية بجماعة أنصار السنة المحمدية بالسودان أن غلق المركز الثقافية الإيرانية يفتح الباب واسعاً للتعامل مع دول الخليج العربى، والتى أبدت فى عدة مناسبات قلقلها من انشطة تلك المراكز، مؤكداً أن الخطوة ستمهد لعودة العلاقات السودانية-الخليجية الى سابق عهدها، مشيراً الى ان المركز الثقافى السودانى بطهران لم يحظ بالتسهيلات التى كان يحظى بها الإيرانى بالخرطوم. من جانبه وصف المجمع الصوفي العام إغلاق المركز الثقافي الإيراني بأنه خطوة في الاتجاه الصحيح لتنقية الساحة الدينية من الأفكار الضالة وتصحيح الوضع الديني بالبلاد.وقال الشيخ عبد السلام الكسنزاني نائب رئيس المجمع الصوفي العام إن هذه الخطوة لابد لها من إجراءات لاحقة بإغلاق جميع الحسينيات والمدارس الشيعية والتي تبث الضلال في المجتمع، مبيناً أن المتصوفة وقفوا بقوة ومازالوا في وجه المد الشيعي بالسودان ، وأضاف أن إغلاق المراكز خطوة إيجابية تستحق الوقوف معها بقوة.وأشاد الكسنزاني بقرار السلطات المختصة مطالباً في الوقت ذاته بإجراء مماثل في سبيل مكافحة جماعات التطرف حتى يعود السودان بلداً للوسطية والتسامح الديني. ويدور منذ مدة جدل في الساحة الداخلية حول تنامي الوجود الشيعي في السودان ، وحذرت منابر خطابية عديدة في المساجد السلطات من تمدد الفكر الشيعي ، وعدته تطوراً خطيراً ينبغي الالتفات إليه وحسمه.وكان أول ظهور علني حاشد للشيعة في السودان في العام 2009 عندما نظموا احتفالية بذكرى مولد الإمام المهدي أحد أبرز أئمة الشيعة في ضاحية جبل أولياء الشعبية أقصى جنوبي العاصمة الخرطوم. وبحسب الوقائع فإن الشعب السوداني والذي هو سني المذاهب يرفض جله المد الشيعي في البلاد ، حيث يعده منحرفاً، فالمجتمع السوداني مجتمع متسامح، وهذا دليل على أنه مجتمع سني، لم يجد التشيع إليه سبيلاً.. فالتشيع كما يقول ارتبط تاريخياً بالعنف، والفكر الشيعي لا يقبل أصلاً بالآخر حينما يقوى. ووصل المد الشيعي إلى السودان نتيجة لأسباب عالمية عبر وجود دول داعمة للتشيُّع وتتبناه، وتحرص على وجود خط شيعي أقوى من السني، والشيعة يستغلون جهل بعض السودانيين بالحقائق التاريخية، عموماً ، فقبل الخطوة الأخيرة للخرطوم حذر علماء مما أسموه مداً شيعياً منظماً تُستخدم فيه الأموال، ويُغرر فيه بالشباب بوسائل فيها معصية لله، وبوسائل زواج المتعة والزواج العرفي، وبخاصة في الجامعات السودانية. و أكدوا أن هناك اختلافاً كبيراً بين السنة والشيعة، وأن هناك مخططات شيعية لنشر المذهب وسط السنة، مبدياً رفضه التام لهذا الأمر، محذرين من مخاطر نشر التشيع وسط أهل السنة، وإصرار الشيعة على غزو المجتمعات التي يعيشون فيها بمعتقدهم المشوه.