بحث المؤتمر العلمي الرابع للجمعية السودانية للعلوم السياسية قضايا مابعد الاستفتاء خلال جلسته الختامية في المحور الأمني ، بحث عددا من الدراسات التي اشتملت على الأمن المائي السوداني وانفصال جنوب السودان ، وتحديات الأمن الإنساني في ظل خيارات الاستفتاء ، والانفصال وأثره على الأمن الوطني السوداني ، والحرب الثالثة ومستقبل السودان السياسي ، والوضع الأمني بعد استفتاء جنوب السودان ، الانفصال وأثره على الأمن الإقليمي والوضع الأمني عقب الاستفتاء في حال الانفصال. وأكدت الدراسات أهمية المحور الأمني في استقرار واستدامة السلام في السودان ، وأبانت الدراسة أن حالة الانفصال يترتب عليها جملة من القضايا الاجتماعية والسياسية وإذا لم تعالج تصبح مهدداً أمنياً ، وأن من مخاطر الانفصال ازدياد الضغوط الأجنبية على السودان. وأكد رئيس الجمعية السودانية للعلوم السياسية بروفيسور محمود حسن أحمد خلال الدراسة التى اعدها وتحمل عنوان" المواطنة" أن إتفاقية السلام الشامل التي وقعت بنيفاشا عام 2005م تضمنت حق تقرير المصير لجنوب السودان ، مشيرا أن هنالك خمس سيناريوهات تبدو في الأفق وهي من الأهمية بمكان وهي الوحدة مع السلام والإنفصال مع السلام واللاسلم واللاحرب والوحدة مع الحرب والخامس الحرب مع الإنفصال ، وقال أن السيناريو الأول رحب به 100% والثاني علي مضض أم الثلاثة الأخيرة فهي مرفوضة مائة بالمائة. وتناول خلال ورقته مفهوم الوطن والوطنية والمواطنة في السودان والمزاعم التي سبقت لتبرير تقرير المصير وشروط من له حق الإقتراع حسب القانون ، مشيراً الي أن السودان سبق كل الدول العربية والأفريقية باجازته حق الجنسية بالإنتماء الأبوي والأمي وليس الأبوي فقط تأكيدا للمساواة وإحتراما لحقوق المرأة وفق الشريعة الاسلاميه ، كما أجاز المواطنة بالتجنس متى كان الشخص مستحقا لها وهو يختلف عن الجنسية بالميلاد. واوضح بروفيسور حسن أن الإستفتاء قد وضع خيارين إما الإنتماء للسودان الموحد أو الإنفصال عنه ولكلاهما تبعات فإن إختار الوحدة يظل سودانيا وإن إختار الإنفصال تتحول مواطنته مباشرة إلي الدولة الوليدة ومن ثم يكون التعامل بين الدولتين وفق دستوريهما وبالقوانين المنظمة لذلك ولا يترك الأمر علي عواهنه دون ضوابط وأبان أن السودان إذ أجاز لمواطنيه إكتساب جنسية أخري مع الجنسية الأصلية فإنه أجازها للذين يرغبون الجنسية وفق قانون الجنسي. وأوصت الدراسة بقيام الاستفتاء في موعده وأجرائه في جو معافى ، مع ضرورة التركيز على الإعلام وضبط الخطاب الإعلامي للترابط الحتمي ما بين الشمال والجنوب وان هناك حتمية تجعل الوحدة جاذبة مع كسب تعاطف المجتمع الدولي.