اتنقد الحزب الشيوعي السوداني القوى السياسية السودانية التي تدعو لخيار انفصال جنوب السودان ، وتبنى أجندات سياسية تخدم مصالح خارجية تسعى لعرقلة المواقف الوطنية الموحدة. وقال القيادي بالحزب الشيوعي الناطق الرسمي باسمه صديق يوسف في تصريح صحفي ، دعا ان القوى السياسية التي تحاول تمرير أجنداتها الخاصة ضد المصالح القومية المشتركة ستترك الباب مفتوحاً لدخول تيارات خارجية معادية تسعى لتدمير السودان ، مشيراً الي أن هناك جهات محلية تحاول ان تجد لها موطئ قدم في الدولة الوليدة بغرض تقوية موقفها السياسي المتذبذب في شمال السودان ، إضافة إلى هروبها من المشاركة في الموقف الوطني المشترك. وحذر يوسف من استخدام استفتاء جنوب السودان لأغراض شخصية وتشكيل أجسام معارضة وتبنى خيارات انفصالية عدائية تعيد السودان لمربع الحرب ، وقال ان هناك حراك دولي واسع لزعزعة استقرار السودان بتعقيد المسائل التفاوضية وإضعاف دور الزعامات والقبائل في مناطق التماس والحدود والتقليل من دورهم الوطني والتاريخي المشترك وإضعاف مستوى التعايش السلمي المعروف منذ القدم.