أثار إعلان بعض قادة وخلفاء الطريقة الختمية في السودان دعمهم ومساندتهم للرئيس عمر البشير في مواجهة ما اسموه "المؤامرات التي تستهدف استقرار البلاد" سخطا واسعا وسط مريدي الطريقة ،وتبرأت الأمانة العامة لمركزية شباب الهيئة من تلك الخطوة، وأعلنت تأييدها للاحتجاجات السلمية ضد النظام. محمد عثمان الميرغني زعيم الحزب الاتحادي الديمقراطي ونقلت وكالة السودان للأنباء ليل الإثنين أن وفدا من الطريقة الختمية بقيادة مساعد الرئيس ونجل مرشدها محمد الحسن الميرغني اجتمع الى البشير، ونقلوا اليه تأييد الطريقة التي تعتبر واحدة من أكبر الطوائف الدينية في البلاد. واعتبر البشير لدى مخاطبته اللقاء وقوف الطريقة الختمية " وقوف مع الوطن وليس الحكومة"، كما امتدح مواقف مرشد الطريقة محمد عثمان الميرغني قائلا إنها ظلت ثابتة منذ توقيعه اتفاقية القاهرة مع الحكومة في العام 2005. لكن قطاعا واسعا من أنصار الختمية والحزب الاتحادي أبدوا سخطا على هذه الخطوة وظهرت تدوينات على مواقع التواصل الاجتماعي تشير الى أن من التقوا الرئيس يمثلون أنفسهم ولا يمكنهم التحدث باسم الطائفة التي تقف الى جانب الشعب السوداني. وأوضح بيان للأمانة العامة لهيئة شباب الختمية الاثنين أن للطريقة قنواتها الرسمية التي تتحدث باسمها، وأشارت الى أن الهيئة تمثل احدى مكونات المجتمع السوداني تعيش وتتأثر به. ولفت البيان الى أن الحسن الميرغني التقى الرئيس البشير في "إطار وظيفته"، حيث يشغل منصب المساعد الأول للرئيس. وأضاف " وبالتالي المركزية تقف مع المظاهرات السلمية التي يكفلها الدستور وتشجب قتل الأبرياء والتعامل مع الجماهير بالعنف والقمع وتطالب بالعيش الكريم للشعب". ونوه البيان الى أن مرشد الختمية محمد عثمان الميرغني ظل على الدوام مساندا للشعب السوداني ولا يمكنه الوقوف ضد الشعب ومطالبه. وأعلنت مركزية الشباب انها تقف في خندق واحد مع الشعب ومطالبه المشروعة عبر الطرق السلمية وتطالب بمحاكمة كل من تورط في قتل الأبرياء. وأردفت "نؤكد أن مولانا لم يكن في يوم من الأيام داعما لأي جهة لا تراعي حرمة الوطن والمواطن"