اتهم المتحدث الرسمي باسم المجلس المركزي لقوى "الحرية والتغيير"، إبراهيم الشيخ، هيئة عمليات جهاز المخابرات بالتورط في قمع الاحتجاجات وفض الاعتصامات السلمية. وفضت قوات عسكرية في الثالث من يونيو الفائت، اعتصامًا أقامه المحتجون ضد نظام الرئيس المعزول عمر البشير، بالتزامن مع فض اعتصامات في 17 ولاية كانت حول الفرق العسكرية. وقُتل نحو 200 شخص في هذه الأحداث بحسب إحصاءات غير رسمية. وقال الشيخ، في مؤتمر صحفي، الخميس: "هيئة العلميات فضت الاعتصامات، وهي من قمعت التظاهرات طوال فترة الثورة، وهي من قتلت 210 شخص في سبتمبر 2013". واعتبر الشيخ تمرد عناصر من هيئة العمليات كان "غطاءا سياسيا للاستيلاء على السُلطة، وطالب بإعادة النظر في قانون جهاز المخابرات، ونزع السلاح من عناصره، وإخراج المقار العسكرية من الأحياء السكنية. وقال المتحدث الرسمي باسم قوى "الحرية والتغيير"، وجدي صالح، إن تمرد أفراد هيئة العمليات كان سياسيا ذو طابع عسكري، للوقوف ضد الثورة، التي أكد أنها لن تُسرق لأنها محروسة من الشارع. وتابع: "التمرد كان مؤامرة انقلابية على الثورة وقادرين على مواجهتها، ولن تسقط تجربة الحكومة الانتقالية على الإطلاق لأنها تستند على الشعب". والثلاثاء، تمرد عناصر من هيئة العمليات بذريعة ضعف استحقاقات إنهاء الخدمة، بإطلاقها أعيرة نارية من مقارها في عدد من أحياء الخرطوم، ورفض بعضهم تسليم سلاحهم إلى قوات الجيش التي أمهلتهم وقت كافٍ للتسليم، لتقوم بقمعهم بعد تبادل إطلاق النار. وقالت السلطات الصحية إن 6 أشخاص قضوا في أحداث التمرد، بينهم 4 من عناصر الجيش والاثنان من المدنيين. وأجرى المجلس العسكري -المسيطر على مقاليد الحكم آنذاك، تعديلًا على قانون الأمن حذف منه المواد التي تسمح لضباط الأمن بالاعتقال والقبض والتفتيش، بعدها تم حل هيئة العمليات في أغسطس، دون أن تسلم القوة سلاحها أو تُجلى من مقارها، وخيّر عناصرها بالانضمام إلى استخبارات الجيش أو قوات الدعم السريع أو إنهاء خدماتهم واختارت الغالبية الخيار الأخير. وقال الشيخ إن تمرد هيئة العمليات أوضح لهم ضرورة إخراج الأجهزة الأمنية من داخل الأحياء السكنية لضررها الكبير على المواطنين حال حدوث أي اشتباكات. وأشار إلى أن قوات الشرطة في حاجة إلى إعادة هيكلة وتعديل قانونها لتصبح شرطة مدنية تتعامل مع المواطنين باحترام دون حمل السلاح في وجوههم، وأشار إلى وجود قادة داخل الشرطة حاليًا تابعين للنظام، قال إنهم على صلة بمحاولة التمرد. وقال وجدي صالح إن التمرد أظهر لهم وجود نقاط ضعف تستدعى إكمال هياكل السُلطة الانتقالية بأسرع وقت، لتعيين حكام الولايات المدنيين وتشكيل المجلس التشريعي، حتى تستطيع في تنفيذ أهداف الثورة على ألا يقلل ذلك من استحقاقات السلام. ويعترض بعض قادة الجبهة الثورية، وهي مكون يضم حركات مسلحة وقوى سياسية تتفاوض حاليا مع الحكومة في جنوب السودان، على تكوين المجلس التشريعي وتعيين الولاة قبل التوصل إلى اتفاق سلام، حددت الوثيقة الدستورية الموقعة في أغسطس 2019، ستة أشهر لحسمه.