في تطور لافت صعد مجلس الوزراء السوداني موقفه تجاه الاجتماع التاريخي الذي جمع رئيس مجلس السيادة عبد الفتاح البرهان ورئيس الوزراء الإسرائيلي بنيامين نتنياهو في أوغندا ، وكذَب تصريحات البرهان التي قال فيها إن أخطر بالاجتماع قبل يومين. وقال المتحدث باسم الحكومة وزير الإعلام فيصل محمد صالح في بيان أذيع بعد منتصف ليل الأربعاء، إن مجلس الوزراء تفاجأ بتصريحات البرهان التي أطلقها ظهرا حين التقى صحفيين متحدثا بمعلومات جديدة تخالف ما قاله حين اجتمع بالوزراء لتنويرهم حول لقاء عنتيبي. ودعا مجلس الوزراء لاجتماع طارئ بعد وقت وجيز من تصريحات البرهان ودخل في اجتماع امتد أكثر من 4 ساعات التأم بعده اجتماع بين حمدوك وتحالف قوى "الحرية والتغيير". وجدد المتحدث باسم الحكومة في بيانه التأكيد على أن اجتماع البرهان – نتنياهو كان مفاجئا وبناء عليه عقد اجتماع طارئ لمجلس الوزراء الثلاثاء لمناقشة تداعياته، أعقبه لقاء بقوى الحرية والتغيير، ثم التأم اجتماع مشترك مع مجلس السيادة. وتابع "خلال الاجتماع المشترك واللقاءات التي سبقته وتخللته، أكد رئيس مجلس السيادة أنه قام بهذه المبادرة بصفة شخصية ولم يستشر فيها أحداً، وأنه يتحمل مسؤوليتها وقال إنه فعل ذلك لاعتقاده أن في ذلك فائدة للشعب السوداني" وأضاف البرهان وفقا للمتحدث أن اللقاء كان استكشافياً وأنه لم يقدم خلاله أي التزام أو وعود بالتطبيع أو إقامة علاقات دبلوماسية، وأنه يترك ذلك للأجهزة المختصة لتُقرر فيه. ولفت فيصل الى أنه وبناء على تلك التوضيحات صدر بيان ليل الثلاثاء بالتوافق على أن يتخطى الجميع المسألة ويُركّزوا على العمل المشترك من أجل تحقيق أهداف الثورة. وأردف "لكننا فوجئنا باللقاء الصحفي الذي أجراه السيد رئيس مجلس السيادة الأربعاء 5 فبراير 2020 بالقيادة العامة وقدم فيه إفادات مختلفة عما ذكره في اللقاء المشترك". وأشار صالح الى ضرورة التأكيد على أن رئيس الوزراء "لم يكن على علم بزيارة رئيس مجلس السيادة إلى عنتبي ولقائه برئيس الوزراء الإسرائيلي، ولم يحدث أي إخطار أو تشاور في هذا الأمر". وكان البرهان أكد لدى لقائه الصحفيين أنه أبلغ رئيس الوزراء باجتماع أوغندا قبل 48 ساعة من الموعد وتلقى منه إشارة خضراء بالمضي فيه. وجدد صالح التأكيد على أن أمر السياسة الخارجية من اختصاص الجهاز التنفيذي، وأنه جرى اتفاق على الرجوع للوثيقة الدستورية لتحديد الاختصاصات بدقة. وأردف" أمر العلاقات مع إسرائيل شأن يتعدى اختصاصات الحكومة الانتقالية ذات التفويض المحدود، ويجب أن ينظر فيها الجهاز التشريعي والمؤتمر الدستوري". ونبه الى أن الحكومة الحالية نُمثل ثورة، حملت شعارات الحرية والسلام والعدالة، وألهمت المناضلين والتواقين للحرية والعدالة في كل أنحاء العالم، ولا يمكن أن يكون من أولوياتها في هذا الوقت "الانقلاب على شعارات الثورة والتنكر للشعوب المضطهدة والمناضلة". ومع ذلك أكد المجلس خلال اجتماعه الطارئ مساء الأربعاء بحسب البيان على ضرورة التركيز على التحديات الكبرى، ومنها تحقيق السلام، ومعالجة الأزمة الاقتصادية، بالإضافة لتحديات التحول الديمقراطي. وأشار فيصل الى أن المجلس وخلال عمله المشترك مع أجهزة الحكم الانتقالي يضع نصب عينيه التضحيات التي قدمها أبناء الشعب والدماء والأرواح التي أفنيت، ويحاول على الدوام التعالي على الخلافات والتعامل بروح إيجابية تسعى نحو تحقيق الأهداف الوطنية العُليا.