عدد من المسلمين الجنوبيين صار قيادات في الحركة الشعبية ذات الغالبية المسيحية، مثل رمضان حسن لاكو، رئيس لجنة السلام والوحدة بالمجلس الوطن. خلاصة من بحث محمد أحمد إسماعيل 'المجلس الإسلامي لجنوب السودان محكوم بالعلمانية'، ضمن الكتاب 54 (يونيو 2011) 'الإسلام في جنوب السودان' الصادر عن مركز المسبار للدراسات والبحوث- دبي. ميدل ايست أونلاين احتواء المسلمين بعد الافتراق عن الخرطوم وجد مسلمو جنوب السودان، في أعقاب التوقيع على اتفاقية السلام الشامل (2005) التي اشتهرت إعلامياً وسياسياً باتفاقية (نيفاشا)، أنفسهم تحت ظل أوضاع سياسية، كرستها الاتفاقية وأقرته وأصبحت التزامات محروسة دولياً. فهم من "جهة أقلية في ذمة الآخر (الأغلبية غير المسلمة)، ومن جهة أخرى محكومون بنظام علماني (قررته الاتفاقية)، تقضي تشريعاته بإقصاء الدين عن سياسة الحياة، ومهددون كذلك بنفسية متشنجة ضد الإسلام والمسلمين من قبل الحكام الجدد القادمين من الحرب، فينظر إلى المسلمين – غير المنتمين إلى الحركة الشعبية – على أنهم يمثلون المؤتمر الوطني الحاكم في الخرطوم. كل تلك التداعيات دعت الناشطين من المسلمين الجنوبيين – تحت لافتاتهم المتعددة- إلى التفكير في ضرورة تكوين جسم جامع للمسلمين في الجنوب، يدافع عن حقوقهم، ويتحدث باسمهم، وينسق العمل بين مؤسساتهم المختلفة، ومن هنا جاءت فكرة التداعي إلى مؤتمر تأسيسي جامع لمسلمي جنوب السودان، ليتمخض عنه ذلك الجسم، وتكونت لجنة تسيير برئاسة اللواء الطاهر بيور رتبت لعقد المؤتمر، إلى أن التأم شمله في مارس(آذار) 2010. والمجلس الإسلامي لجنوب السودان هو الجسم الذي تمخض عنه المؤتمر التأسيسي، الذي توافق المؤتمرون على تكوينه، واعتباره الهيئة الوحيدة التي تتحدث باسم مسلمي الجنوب، وتعمل على رعاية حقوقهم، والقيام على أمر شعائرهم الدينية، والحفاظ على ممتلكاتهم، وذلك برعاية كاملة من حكومة الجنوب، التي تسيطر عليها الحركة الشعبية لتحرير السودان. وللتعرف على المجلس الإسلامي لجنوب السودان، لا بد من التعرف على الخلفية الدعوية التي تم على قاعدتها إنشاء المجلس. الآن تعمل في جنوب السودان أكثر من 60 هيئة إسلامية، منها ما هو مرتبط بمنظمات وطنية مقرها في الخرطوم مثل هيئة الدعوة الإسلامية، ومنظمة تراث للتنمية البشرية، ومنها ما هو فرع لمنظمات دولية مثل هيئة الإغاثة الإسلامية العالمية، ومنظمة الدعوة الإسلامية والمؤسسات التابعة لها.. ومنها مؤسسات خاصة بالمسلمين الجنوبيين، وهذه تمثل النسبة الأكبر وسط تلك الهيئات، منها الهيئة الإسلامية لمسلمي جنوب السودان، والمجلس الإسلامي الأعلى لجنوب السودان، والمجلس الإسلامي للسودان الجديد، منظمة "شمس الجنوب" وهي منظمة نسائية ومنظمة "دعاة الجنوب"، والمنظمة الإسلامية الإفريقية. وهناك هيئات ومنظمات ولائية، مثل منظمة "أبناء أويل". لكن وسط تلك الهيئات هناك مؤسسات يمكن اعتبارها "أمهات للعمل الإسلامي في الجنوب" وعلى رأسها "الهيئة الإسلامية لجنوب السودان"، التي يقودها حالياً الأستاذ منير عوض سوميت، و"المجلس الإسلامي الأعلى لجنوب السودان" وعلى رأسه الشيخ بيش أكور، بالإضافة إلى "المجلس الإسلامي لجنوب السودان" الذي كونته الحركة الشعبية لتأطير المسلمين الجنوبيين في إطارها، وبزعامة الفريق الطاهر بيور. تأسس المجلس الأعلى لجنوب السودان في العام 2005 حيث انعقد المؤتمر العام. وانعقد أول اجتماع لهيئة الشورى في دورتها التأسيسية في 12 ديسمبر(كانون الأول) 2005 واعتمد النظام الأساسي للمجلس. ويدير المجلس الإسلامي الأعلى عمله من خلال هيئة وشورى، وأمانة عامة تضم عشرة أمانات فرعية. بدأ المجلس الإسلامي عمله في مناخ عام ساده الانقسام داخل الصف المسلم، مما جعله يبذل جهداً مقدراً في محاولات تحقيق قدر من الوحدة في صف المسلمين الجنوبيين بمختلف مؤسساتهم، فطرح العديد من المبادرات لجمع الصف والتصالح بين القيادات المسلمة، ومبادرات لقيام مؤتمر جامع للمسلمين الجنوبيين، ولكن طوال السنوات الثلاث الأولى من عمر المجلس، لم يكتب لواحدة من تلك المبادرات النجاح، ولكنها فيما بعد شكلت لبنة صالحة، لقيام المؤتمر التأسيسي لمسلمي جنوب السودان. فهو الواجهة التي أنشأتها الحركة الشعبية لتحرير السودان، لاحتواء المسلمين من أبناء الجنوب تحت لواءها، وترجع فكرة إنشاء المجلس إلى فترة ما قبل السلام، حين كانت الحركة تخوض حربها الانفصالية ضد حكومة السودان. "ففي إحدى المعارك العسكرية وقع بعض الأسرى في قبضة رياك مشار، ووجد أن لديهم فهماً بأن الحركة الشعبية تعمل ضد المسلمين، ومن هنا جاءت فكرة الحركة الشعبية بإنشاء مجلس يحتوي المسلمين الجنوبيين، ويتابع شؤونهم. لم يأت الميلاد الثالث للمجلس التابع للحركة الشعبية في جو صحي معافى من الخلافات والتصدعات، فقد وقع الصراع من أجل السيطرة على إدارة ممتلكات المسلمين في الجنوب؛ وكان طرفا ذلك الصراع هم الفريق الطاهر بيور، والقيادات التي كانت تتولى إدارة المجلس الإسلامي للسودان الجديد، قبل عودته من أستراليا. ومن بين تلك القيادات المهندس محمود الحاج يوسف، الذي يعتبر نفسه القيادة الشرعية للمجلس الإسلامي للسودان الجديد، باعتبار أن منصب الأمين العام للمجلس الإسلامي للسودان الجديد لم يكن شاغراً عند عودة الطاهر بيور، بل كان يشغله شخص مكلف، هو محمود الحاج يوسف ويرى أنه قد جرى تجاهله بواسطة د.رياك مشار الذي قام بتعيين الفريق الطاهر بيور رئيساً للمجلس. لم تشارك الغالبية العظمى من مسلمي جنوب السودان، في حركات التمرد، نسبة للروافد الكنسية الواضحة التي كان تمد تلك الحركات، منذ التمرد الأول في 1955، وحتى تمرد 1983 الذي تكونت على أساسه الحركة الشعبية لتحرير السودان. ولكن ذلك لا يعني أن حركة التمرد خلت من وجود المسلمين، بل إن عدداً من المسلمين انضموا إلى الحركة الشعبية في أوقات متفاوتة من تاريخها، لأسباب مختلفة، باختلاف دوافعهم. ويمكن تصنيف أبناء المسلمين الذين انضموا للحركة الشعبية إلى مجموعات: 1- المسلمون من غير الجنوبيين: انضم إلى الحركة الشعبية في مراحلها المختلفة أعضاء من أقاليم السودان الأخرى. وفي فترة الحرب كان أبرز المنضمين هم بعض أبناء جبال النوبة وعلى رأسهم القائد يوسف كوة، الذي التحق بالحركة الشعبية في العام 1984، أي بعد عام واحد من اندلاع التمرد، وأسس جناح الحركة الشعبية بجبال النوبة. وكذلك انضم بعض أبناء النيل الأزرق، بقيادة مالك عقار – والي النيل الأزرق الحالي - الذي التحق بالحركة في العام 1987. بالإضافة إلى بعض الشماليين من الحزب الشيوعي السوداني، من أمثال ياسر عرمان – رئيس قطاع الشمال بالحركة الشعبية- الذي التحق بالحركة في العام 1986، بعد أن اتهم بقتل اثنين من زملائه الطلاب. وبعد توقيع الحركة الشعبية اتفاقية السلام وتحولها إلى حزب سياسي، التحقت بها أعداد كبيرة في مختلف ولايات السودان، وكونوا في مجملهم قطاع الشمال. 2- المجموعة الثانية: مجموعة المسلمين من أبناء الجنوب: هؤلاء أيضاً منهم من التحق بالحركة الشعبية في فترة الحرب، ومنهم من التحق بها بعد السلام، وهم الأكثرية. وقد صار بعض المسلمين الجنوبيين قيادات في الحركة الشعبية، مثل رمضان حسن لاكو، رئيس لجنة السلام والوحدة بالمجلس الوطن.
