لم تكن الثورة المصرية حدثاً عابراً بالنسبة لإسرائيل، الأمر بالنسبة لها كان سقوط أهم حليف لها في المنطقة، ورئيس أهم دولة في المنطقة العربية. كانت الثورة المصرية بمثابة فشل استخباراتي كبير لأجهزة المخابرات الإسرائيلية، سواء جهاز الموساد، أو جهاز المخابرات الحربية الإسرائيلية «أمان»، حيث أتت الثورة على عكس توقعات الجهازين، اللذان كانا يتوقعان استمرار نظام مبارك. قبل اندلاع الثورة بأيام، عرض رئيس المخابرات الحربية الإسرائيلية «أمان»، الجنرال أفيف كوخافي، تقرير جهازه للوضع الاستخباري لعام 2011، وهو التقرير الذي توقع استمرار نظام مبارك في السلطة، كذلك الوضع بالنسبة لجهاز الموساد الذي لم يتوقع هو الآخر عدم قدرة نظام مبارك على قمع أي حركة احتجاجية. وبعد اندلاع الثورة نشرت صحيفة «معاريف» ووسائل إعلام إسرائيلية أخرى اعترافات مصادر إسرائيلية بالفشل الاستخباري الكبير، الذي قالوا إنه لا يعادله فشل استخباري سوى فشل المخابرات الإسرائيلية في حرب أكتوبر 73، ونقلت «معاريف» عن مصدر رسمي إسرائيلي قوله إن: الموساد مثله مثل المخابرات الأمريكية والبريطانية والألمانية لم يتوقع شدة الانفجار في مصر، وإنهم ساروا أسرى مفهوم أن مصر ليست تونس. التوقيع على اتفاق المصالحة الفلسطينية بين حركتي فتح وحماس في بداية مايو 2011، كان بمثابة محطة الفشل الثانية الأبرز للمخابرات الإسرائيلية، كانت التقديرات الإسرائيلية تقول إن حماس لن تسمح بعودة السلطة الفلسطينية مرة أخرى لقطاع غزة، ومن ثم ستعمل على إفشال أي اتفاق للمصالحة، ولذلك اهتمت المخابرات الإسرائيلية بالتوجه الفلسطيني للأمم المتحدة للحصول على اعتراف بالدولة الفلسطينية، حتى إن آخر تقرير للمخابرات الحربية الإسرائيلية «أمان» والذي تم تقديمه للمجلس الوزاري الإسرائيلي المصغر، في أبريل لم يتحدث عن التقارب بين حركتي فتح وحماس، ولم يتوقع إمكانية حدوث مصالحة بين الحركتين. في 15 مايو 2011، وفي سياق إحياء ذكرى نكبة فلسطين وإعلان قيام إسرائيل على أرضها، اقتحم عدد من المتظاهرين السوريين واللبنانيين، الحدود مع فلسطينالمحتلة والجولان المحتل، وهو الأمر الذي يعد محطة فشل ثالثة للمخابرات الإسرائيلية، والتي اعترفت في اليوم التالي بفشلها في الحصول على معلومات مسبقة حول نية المحتجين على الحدود السورية في اقتحام السياج الأمني في هضبة الجولان, ولا نية للمحتجين على الحدود اللبنانية اقتحام الحدود مع فلسطينالمحتلة، رغم استعداد الجيش الإسرائيلي من خلال تعزيزات عسكرية على أكثر من موقع على الحدود. كما شهد عام 2011 فضيحة أخرى للموساد الإسرائيلي، حيث كشفت صحيفة «يسرائيل هايوم»، في 16 أبريل النقاب عن قيام ضباط الموساد بإلقاء وثائق مهمة وملفات مكتوباً عليها «سرى للغاية» بصناديق القمامة العادية،وأوضحت الصحيفة أنه أثناء عملية تكرير مخلفات القمامة بمنطقة الجليل تم العثور على العشرات من الوثائق والملفات المهمة التابعة للجهاز ملقاة في صناديق القمامة، وأشارت الصحيفة إلى أنه من ضمن الوثائق التي عثر عليها عمليات الاتصال السري مع عملاء «الموساد» والاتصال بوحدة الاستخبارات الإسرائيلية «أمان»، ووثائق أخرى توضح تقييم أداء الجهاز وطرق نشاطه المختلفة. ونقلت الصحيفة عن مصدر رسمي قوله إنه تم استدعاء ضباط الأمن المسؤولين عن التخلص من هذه الملفات لاستجوابهم ، كما قامت وحدات خاصة تابعة للجيش الإسرائيلى بالبحث فى صناديق القمامة والمناطق التى يتم التخلص فيها من النفايات ، خشية أن تكون هناك وثائق أخرى قد ألقيت، واعترف المسؤول بأن التخلص من هذه الوثائق بهذا الشكل يعد تقصيراً شديداً من قبل المسؤولين عن تأمين معلومات جهازى «الموساد» و«أمان». كما شهد عام 2011 نزاعاً كبيراً بين جهاز «الموساد» ووزارة الخارجية الإسرائيلية، وهو ما أدى إلى تدخل رئيس الوزراء الإسرائيلي، بنيامين نتنياهو، شخصياً لحل النزاع بين وزير الخارجية أفيجدور ليبرمان، ورئيس «الموساد»، تامير باردو، عن طريق طرح أفكار جديدة حول توزيع الصلاحيات بشكل واضح بين المؤسستين. وبدأ النزاع بين الخارجية الإسرائيلية وبين «الموساد» بعد علم وزير الخارجية الإسرائيلي أفيجدور ليبرمان أن «الموساد» أخفى عنه معلومات مهمة حول اتصالات قام بها، وحول إقامة علاقات دبلوماسية مع دول أخرى، واتهمت وزارة الخارجية الإسرائيلية جهاز «الموساد» بإجراء اتصالات سياسية مع دول أجنبية حتى في الأغراض غير الضرورية على حساب التفويض المهني لوزارة الخارجية، وهو ما أدى بليبرمان لإصدار تعليمات للعاملين في وزارته بعدم منح جوازات سفر دبلوماسية لرجال «الموساد»، وعدم نقل برقيات سرية للجهاز. نزاع كبير بين رئيس الوزراء الإسرائيلي، بنيامين نتنياهو، وأركان حكمه، مع رئيس الموساد السابق، مائير داجان، اندلع أيضاً في 2011، بسبب تصريحات الأخير التي قال فيها إنه مع انتهاء فترة ولايته وانتهاء ولاية جابي أشكنازي (رئيس الأركان الإسرائيلي السابق)، ويوفال ديسكن (رئيس جهاز الأمن العام الإسرائيلي السابق)، فإنه لا يوجد شيء يوقف خطط نتنياهو وباراك، كما حذر داجان من إقدام حكومة نتنياهو على شن أي هجوم على إيران، معتبراً الهجوم مغامرة غير محسوبة، وهو ما دفع عدد كبير من الوزراء الإسرائيليين إلى المطالبة بالتحقيق معه، واتهمه الوزير «بني بيجين» بأنه «مكن الأعداء من الإطلاع على فحوى النقاشات السرية داخل أروقة الدولة». وفي عام 2011 أيضاً تولي يورام كوهين رئاسة جهاز الأمن العام الإسرائيلي «الشاباك»، بعد انتهاء ولاية يوفال ديسكن، ووصف نتنياهو كوهين بأنه «قادر على قيادة الشاباك في أوقات الحرب». ورغم إخفاقات المخابرات الإسرائيلية في العديد من القضايا المهمة في 2011، إلا أن ثمة وثيقة تم الكشف عنها، في عام 2011، كشفت نجاح ل«الموساد» الإسرائيلي، كيث كشفت الوثيقة عن لقاء السفير الأمريكي في البحرين، وليم مونرو، بملك البحرين، في 15 فبراير 2005، وكتب السفير في الوثيقة أن الملك «أعرب عن رضاه من التطورات في المسيرة السلمية في الشرق الاوسط»،وكشف الملك النقاب عن أنه أمر وزير إعلامه، محمد عبد الجعفر، الكف عن التعاطي مع إسرائيل في البيانات الرسمية للمملكة ك«عدو» أو «كيان صهيوني»، وبحسب الوثيقة فإن الملك تباهى أمام السفير الأمريكي أن للبحرين «اتصالات مع إسرائيل على مستوى الاستخبارات والأمن»، وأضاف السفير إلى جانب هذه الجملة بين قوسين كلمة: «الموساد».
