أقرّ قطبي المهدي الأمين السياسي للمؤتمر الوطني بوجود جهاز الموساد الإسرائيلي في السودان وأنه لاسبيل لإنكاره. وحول حديث رئيس حزب الأمة الإمام الصادق المهدي حول التكفيريين في السودان نفى وجود حركات تكفيرية بالبلاد. ورأى أن حديث الصادق المهدي بوجودها مرده طريقة تفكيره ورؤاه الدينية التي أشار إلى أنها دائماً ما تدخله في مواجهات مع كثير من العلماء. وقال إن المجتمع السوداني متدين ومعتدل في تدينه ولا توجد حركات تكفيرية. هذا وقد رصدت (الحركة من أجل حرية الضمير) المتكونة في 2003م تنامي موجات التكفير التي أشارت لها في أدبياتها، من ذلك تكفير عدد من الصحفيين والمحامين ورجال الدين فيمايو 2003م ورصد 10 ملايين جنيه لمن يحصل على رأس الشيخ عبد الله أزرق طيبة، أو المرحوم الدكتور فاروق كدودة، أو الأستاذ الحاج وراق أو الأستاذ كمال الجزولي، إلى جانب آخرين. وتكفير الإمام الصادق المهدي والسيد محمد عثمان الميرغني في نفس الشهر بسبب إعلان القاهرة، وصدور (فتوى العلماء في حكم الانتماء إلى الجبهة الديمقراطية وأفعالها الكفرية وواجب المسلمين نحوها) في نفس الشهر، وفي 2006م صدرت فتوى من (هيئة علماء السودان) بتكفير الشيخ حسن الترابي. وفي نفس الوقت صدرت فتوى بتكفير الشهيد محمد طه محمد أحمد وهي الفتوى التي مهدت لقتله فعليا. وفي أغسطس 2008م صدرت فتوى (الرابطة الشرعية للعلماء والدعاة بالسودان) بتكفير الحزب الشيوعي، وفي مايو 2009م صدرت فتوى أخرى بتكفير الأستاذ ياسر عرمان وإهدار دمه، وإثر ذلك تعرض لمحاولة اغتيال عبر وضع قنبلة في مكتبه في يونيو 2009م.وفي 28/1/2010م وعلى أعتاب الانتخابات والاستفتاء على تقرير المصير أصدر خمسون من (العلماء) من أرجاء العالم الإسلامي أغلبهم خليجيون وستة منهم سودانيون بيانا حول الحالة السودانية كفروا فيه القول بتقرير المصير، والتصويت للحركة الشعبية لتحرير السودان، والدخول في تحالفات مع العلمانيين. وفي هذا العام صدر بيان من (الرابطة الشرعية للعلماء والدعاة) بتكفير الإمام الصادق المهدي من جديد وكذلك الدكتور حسن الترابي، وقام بعض أنصار السنة بتكفير الصوفية وسبهم في خيمة المولد بأم درمان ما أدى لصدامات دامية الشهر الماضي. من جهة أخرى فإنالحديث عن وجود مكثف وليس محدودا للموساد في السودان دعمته جهات عديدة، على رأسها موقع ديبكا فايل الإسرائيلي الاستخباراتي الذي أكد أن غارة بورتسودان في أبريل 2011م تؤكد ذلك، ف (طريقة الهجوم والفرار النظيف يشير إلى وجود منظمة عسكرية متطورة وقادرة على القيام بعمليات غير تقليدية عبر مسافات كبيرة تمتد آلاف الكيلومترات. وتتطلب دعما استخباراتيا عسكريا مقتدرا في أماكن متباعدة مثل عطبرة وكلانيب وبورتسودان على البحر الأحمر.) وقد سعت حكومة الخرطوم فيما جاء في تسريبات ويكيليكس الموقع الإخباري الشهير، لتطبيع العلاقة مع إسرائيل قبل سنوات. وبحسب البرقية التى أرسلت فى 29 يوليو 2008 قال مصطفى عثمان إسماعيل لدى اجتماعه بالبرتو فرنانديز مسؤول الشؤون الافريقية بالخارجية الامريكية وقتها ( إذا مضت الأمور بصورة جيدة مع الولاياتالمتحدة، قد تساعدوننا فى تسهيل الأمور مع إسرائيل الحليف الأقرب لكم فى المنطقة). أنظر تقارير خبرية ل(حريات) تؤكد الوجود الإسرائيلي الاستخباراتي في السودان: الرواية المفصلة للغارة تؤكد وجود خلايا اسرائيلية منظمة ودعم معلوماتي تسريبات ويكليكس تكشف سعي المؤتمر الوطني تطبيع علاقاته مع اسرائيل
