إتهم المؤتمر الوطني بعض المؤسسات الاستخباراتية بالوقوف وراء إخراج الفتاوى التي تسعى من خلالها لاشاعة الفتنة بينه والحركة الشعبية وتدفع بها لفصل الجنوب، وتبرأ عن كل ما يصدر من بيانات بالخصوص، قاطعاً بأن كل قراراته تخرج من مؤسسات الحزب في وقت أكدت فيه الحركة الشعبية أن نظام الحكم بالخرطوم لم يتغير بالنسبة للجنوبيين منذ العام 1989م وأشارت إلى ان ما ورد في اتفاقية نيفاشا لم ينفذ على أرض الواقع حتى الآن، وأعلنت أنها حركة وحدوية منذ تأسيسها ولكنها ظلت تبحث عن الوحدة التي حملت من أجلها السلاح، وأوضحت أن مفوضية غير المسلمين التي يتحدث عنها المؤتمر الوطني مجرد اسم. وقال البروفسيور إبراهيم غندور أمين العلاقات السياسية بالمؤتمر الوطني في المواجهة التي تمت بينه وأتيم قرنق القيادي بالحركة الشعبية بالتلفزيون القومي أمس أن الحركة كانت وحدوية عندما كانت تقاتل وتغير ذلك عندما تحقق السلام، وأضاف أن ذلك يؤكد اما أن الحركة كانت تلبس قناع الوحدة أو أن الانفصاليين داخلها اختطفوها نحو الانفصال، مؤكداً أن حزبه إلتزم بكل ما تم توقيعه في اتفاقية نيفاشا، معلناً تحديه لمن يقول بغير ذلك أن يثبته على أرض الواقع، مشيراً إلى أن الوطني أجاز كل القوانين بالبرلمان بمشاركة الحركة الشعبية وأنه لم يستغل أغلبيته، وأردف ان القوانين التي اجيزت في غياب الحركة أعدناها عقب عودتها للبرلمان، مشيراً لوجود (4) مليون جنوبي بالشمال قبل نيفاشا ولم يتعرضوا لأذى من الشماليين في وقت كان يومياً عدد من الشماليين بموتون بالحرب في الجنوب، وأضاف من يقول أن الجنوبيين مضطهدين بالشمال لم يعش في الشمال أو في السودان. من جانبه قال القيادي بالحركة أتيم قرنق انهم ينادون بمباديء غير موجودة بالسودان، وأضاف أهل الجنوب كانوا سيعترفون بالشريعة لو طبقت كشريعة عمر بن الخطاب، قاطعاً بعدم وجود أي اعتقالات سياسية بالجنوب وأن ما يحدث مجرد فرقعات ليس إلا، مؤكداً أن الحركة الشعبية أنجزت العديد من المشروعات بالجنوب أكبر مما حدث في بعض الدول الأفريقية خاصة وأن الاقليم شهد دماراً شاملاً طيلة ال (50) عاماً عمر الحرب. وقال قرنق إن الحركة لم تقبل بقانون الأمن والعقوبات الجنائية الذي أجيز بالبرلمان وإشار إلى أنها لم تصوت عليه.