اخطأ البلدان السودان ومصر، فعدم بذلهما قصارى جهدهما لإقناع الراحل جون قرنق بعد إيقاف الحفر في قناة جونقلي والتي وصل الحفر فيها الى الكيلو 260 عند مركز (كونقر) التي تبعد عن مصب القناة في بور حاضرة ولاية جونقلي بمائة كيلو فقط.. وعندما أوقفت حركة قرنق عمليات الحفر كان وراء ذلك حماية آليات الحركة وقطع الطريق الممهد بطول 260 كيلو لحركة الطريق الذي يمكن القوات المسلحة السودانية بضرب معاقل الحركة في منطقة القناة الاستراتيجية وقبيلة دينكا بور التي ينحدر منها الراحل جون قرنق، الماكينة العملاقة شقت خط القناة مع تعبيد طريقين على ضفتي القناة، الطريقان صالحان للحركة طوال أيام السنة وحتى في فصل الأمطار، علماً بأن طريق القناة يربط بين ملكال وجوبا.. طريق ملاحة برية دائم. تقاعس البلدان عن مواصلة تكملة الجزء المتبقي من القناة حوالي مائة كيلو متر، ظهرت آثاره الآن في الجدل الدائر حول مياه حوض النيل، بالإضافة الى ضغوط دول المنبع لإعادة النظر في الإتفاقيات التاريخية لحقوق دول المصب.. استكمال العمل بمشروع قناة جونقلي الذي توقف في 1983 أعطى فرصة ذهبية للمطامع الخارجية لتعبث بملف المياه وإحداث ضغوط على مصر والسودان، بالإضافة الى الأطماع الإسرائيلية التي ظهرت بوضوح في الرغبة في الاستفادة من مياه النيل وتوصيلها لقلب إسرائيل عن طريق سيناء بمصر. قناة جونقلي تعتبر من المشروعات العملاقة، وتعد أكبر مشروع مائي في القارة الأفريقية.. ومتعدد الفوائد بالنسبة للإقليم الجنوبي في توفير أراضٍ صالحة وخصبة للزراعة، أراضٍ كانت تغطيها المياه دون استغلالها، تضيع كميات كبيرة من المياه في منطقة المستنقعات أو بفعل التبخر السنوي. فوائد القناة كثيرة ومتعددة خاصة فيما يختص بإحداث التنمية الاقتصادية والاجتماعية للسكان القاطنين على طول خط القناة، مع توفير خدمات متعددة صحية وتعليمية وبيطرية وأسواق للماشية وتغيير نمط الحياة كلية.الشقيقة مصر المستفيد الأول من مياه النيل، وذات الحاجة لكميات أكبر من المياه لحجم مشروعاتها الزراعية والمائية بالنظر للزيادة المضطردة لعدد سكانها الذي وصل الآن 80 مليون نسمة تقريباً، تغافلت عن الضغط على الراحل قرنق لتكملة الجزء المتبقي من القناة.. ولم تستغل علاقاتها الطيبة معه عندما كان جزءاً من المعارضة السودانية التي اتخذت من القاهرة مقراً لها بعد مجيء نظام الإنقاذ، لذا نجد الآن أن مصر والسودان في جانب ودول المنبع في جانب آخر، وما زالت الهوة واسعة في كيفية الوصول الى اتفاق مرضٍ للجميع بتقسيم حصة المياه حسب الاحتياجات الفعلية لكل دولة من دول حوض النيل. عموماً وبالرغم من الجدل الدائر والحوار والمفاوضات بين دول المنبع ودول المصب، يبدو أن الإلتقاء بين الجانبين ليس سهلاً لاختلاف جوهري في وجهات النظر خاصة وأن هناك أيادٍ سوداء تعبث بملف المياه وفي محاولة دائمة لتوسيع شقة الخلاف الآن، هل تفكر الدولتان السودان ومصر في وضع خطة جديدة لاستئناف الحفر للجزء المتبقي من خط القناة، وأيضاً بإجراء عمليات نظافة للجزء الذي حفر مع التعاقد مع الشركة المالكة للحفارة العملاقة لصيانتها وتهيئتها للعمل... علماً بأن العملية تصحبها تكاليف باهظة وتحتاج الى تمويل من مؤسسات مالية كبرى، لكن في اعتقادنا أن حفر القناة سيغير مفاهيم كثيرة في ملف المياه لدول حوض النيل وسيعطي السودان ومصر حصصاً من المياه حسب احتياجاتهما الفعلية بحسبان أن الدولتين من أكبر الدول من حيث المساحة وعددية السكان ومشروعات التنمية والمياه مقارنة بدول حوض النيل الأخرى.
