استهجن المؤتمر الوطني ما أسماه التوجهات العلنية لقيادات الحركة الشعبية الداعمة لخيار الانفصال. وطالبت رسالة موجهة للحركة الشعبية ممهورة بتوقيع أمين الإعلام، فتحي شيلا، الإقرار بفشلها في قيام دولة علمانية فى الشمال واللجوء للانفصال. وأشارت الرسالة الى مقدرة الشماليين على تبنى الانفصال، وخاطبت قيادات الحركة بالقول: «لا يفوت عليكم أن الدعوة للانفصال ليست حكراً على الحركة الشعبية حيث أن هناك من أقاموا منابر في الشمال على ذات المنهج». واعتبر «الوطني» رغبة الحركة فى الوحدة على أسس علمانية مخالفة لاتفاقية السلام، وقال إن الاتفاقية قامت على جعل خيار الوحدة جاذباً على أساس نظام حكم لا مركزي وعلاقة بين الدين والدولة تعتمد على تطبيق الشريعة الإسلامية فى المستوى القومي والشمال وتتيح لولايات الجنوب التشريع بما يناسبها. وأكد المؤتمر الوطني أن الدعوة للوحدة تمثل له مبدأً، إضافةً لالتزامه الوطني والأخلاقي باتفاقية السلام. وأبدى «الوطني» أسفه على ما وصفه بهروب الحركة الشعبية الى خيار الانفصال كسلوك سياسي لا يراعي المصالح القريبة والبعيدة للجنوب، فضلاً عن مصالح السودان.