تخطيط استعماري: تعرضت الكنيسة القبطية لعدد من خطط الاستعمار والتغلغل الأجنبي، وكان مجئ الإرساليات البروتستانية إلى الكنيسة، وحاول الغرب من إنجلترا وأمريكا زعزعة الكنيسة القبطية وإقامة كنسية بروتستانية قوية، وحاولت روما السيطرة من خلال إرساليات بابا روما، وإذا سلمنا بأن الكنيسة كانت قد استرخت روحياً فإنها كانت في حاجة لمن يمسك بأيديها ليس لمن يسيطر عليها، لقد قاومت مصر كلها هذا التدخل، فلقد كان رهبان الكاثوليك يمسكون بالأطفال ويرحلونهم إلى روما لتعليم الكاثوليكية حتي يعودوا وقد فقدوا هويتهم القبطية، ولكن الأقباط استولوا على كنائس الفرنسيسكان وطردوهم منها، وأقام الأجانب مدارس مجانية توغلت في الريف والصعيد، لقد شجعهم الحكام في أول الطريق ولكنهم فهموا بعد حين، وكانت الدولة المصرية تعتمد شهادات المدارس القبطية في حين ترفض اعتماد شهادات مدارس البعثات التبشيرية، ورغم هذا وذاك انتشر هذا النوع من المدارس، وبدأت تكوين مراكز صراع بين الأقباط والبروتستانت، وأنشئت كلية أسيوط في عام 1865م وبلغت مدارس هذه الإرسالية في سنة 1897م نحواً من 168 مدرسة، يدرس فيها ما يزيد على أحد عشر ألفاً من الطلاب، وسجل اندرواطشن المبشر الأمريكي كل هذا في كتابه، «البعثة الأمريكية في مصر»، وشعر البابا القبطي بهذا الخطر، وقرر السفر إلى أسيوط، وسافر على باخرة نيلية وضعها الخديوي إسماعيل تحت امرته، وبدأ نشاط في الكنيسة القبطية بمنع الأقباط من التعامل مع البروتستانت، ويعلن الحروم الكنسية، وقام المبشر هوج بزيارة إلى البابا يؤانس الثامن عشر. ولم يسترح البابا لهذة الزيارة، وقال إن هؤلاء كلهم أقباط وهم أولادنا ونحن ملتزمون بهم، ومستعدون أن نستعمل كل واسطة في المحافظة عليهم، وأراد المبشر الإسكتلندي هوج أن يطمئن البابا فقال له إن مدارس التبشير لا تفعل شيئاً إلا تعليم الإنجيل الطاهر، وهنا وكما يقول طارق البشري، اتقد البطريرك غيظاً عند سماعه هذا الكلام، وكأنك ألقيت قنبلة في وسط الغرفة الواسعة وقال: الإنجيل الطاهر!! وهل الأمريكان وحدهم هم الذين عندهم الإنجيل؟ ولماذا لا يعلمونه لعبيدهم إن كان عندهم؟ لماذا يذهب الأخ إلى الحرب ضد أخيه، مشيراً هنا إلى الحرب الأهلية في أمريكا، لماذا جاءوا إلى مصر بكلماتهم الناعمة الطيبة؟ إن الإنجيل عندنا قبل أن تولد أمريكا في الوجود، إننا لا نحتاج إليهم ليأتونا ويعلمونا فنحن نعرف الإنجيل أحسن منهم، وكان صوت البابا عالياً حتى اجتذاب كل من في المكان، وملأوا الشبابيك المحيطة. نشاط الأقباط: وكانت الكنيسة القبطية قد شعرت بالخطر القادم من الخارج، وبدأت في تشجيع الاستفادة من العلوم الحديثة، وانشأت هذه المدارس القبطية والتي قامت كحركة موازية لإصلاح التعليم في مصر، مثلما قام به رفاعة رافع وعلي مبارك، واهتم البابا كيرلس الرابع أبو الإصلاح بالتعليم وأنشأ المدرسة المرقسية بنين، ومدرسة حارة السقايين للبنات، وبدأ بهذا تحرير المرأة قبل قاسم أمين، وكانت هذه المدارس مدارس لغات، وقد فتحت أبوابها لكل أبناء الوطن من مسلمين ومسيحيين، وتعيين الخريجين في كل مرافق الدولة، ورحب بهم القطاع الخاص لمعرفتهم الإنجليزية، وسعى البابا كيرلس الرابع لدى إسماعيل باشا للاعتراف بهذة المدارس وتبرع إسماعيل بألف وخمسمائة فدَّان، وصدر أمر بتعيين خريجيها، ودخولها إلى مدارس الطب والهندسة وغيرها، وهذه المدارس كانت جامعات علمية، وقدم إسماعيل باشا إعانة سنوية لمدارس الأقباط قيمتها ألفا جنيه، وفي سنة 1875م بلغ عدد تلاميذ مدرسة الأزبكية أو المرقسية 379 طالباً منهم 302 قبطياً، و16 مسلماً، وكان بمدرسة حارة السقايين 74 تلميذاً منهم مسلمان، وبلغ عدد تلميذات مدرستي البنات 136، ومدرسة الأقباط بأسيوط 26 تلميذاً في 1866م وامتد تأثير المدارس القبطية إلى كل النسيج الاجتماعي في مصر، وكانت احتفالات مدارس مدارس الأقباط تضم المسلمين والأقباط، وكان عبدالله نديم بوصفه ممثلاً للجمعية الخيرية الإسلامية على رأس المدعوين لحفل المدرسة القبطية بالإسكندرية التي أنشأتها الجمعية الخيرية القبطية، وتقول صحيفة الوطن إن كثيرين من الأقباط نبغوا في التعليم، منهم الطبيب والشاعر والكاتب والفقيه والمترجم، وصار من القبط عساكر وضباط في الجهادية يتعلمون العلوم الحربية، وذهبوا لمحاربة الجيش الروسي، وترى منهم أعضاء في مجلس النواب، وفي المجالس المحلية، والكل آمنون على عيالهم ومالهم، وتزايد الأقباط تألقاً، وهكذا كان رفض الأقباط للتدخل الأجنبي ليس من جانب واحد، بل إن الأقباط مسلمين ومسيحيين، وأقصد بالجامع هنا تجمع المسلمين، وكانوا جميعاً يداً واحدة، وانتبهوا جداً إلى التعليم وحمل طلبة المدارس لواء الحضارة والتقدم في مصر كلها.