دخل الأقباط إلى الأزهر الشريف طلبة فيه، يدرسون مع زملائهم من المسلمين، ولم تكن هناك جامعات، وكان التعليم في البدء في الكتاتيب، عند المسلمين في دار الفقيه، وعند المسيحيين في الكنيسة على يد معلم كثيراً ما يكون كفيفاً، وكان من يرغب في تعليم زيادة ليس أمامه سوى الأزهر الشريف، ولم يجد الأقباط غضاضة في هذا، ورحب بهم شيوخ الأزهر الشريف وجعلوهم في صفوف العلم. وكانت حكومة الخديوي تشجع التعليم، وعندما أنشأ الأقباط المدارس القبطية كانت البداية بواسطة البابا كيرلس الرابع الذي أنشأ المدرسة المرقسية في البطريركية في كلوت بك، ومن الطريف أن الخديوي إسماعيل باشا قد أهدى البطريريكية ألف وخمسمائة فدان لكي تكون وقفاً على التعليم في مدرسة البطريركية، وقال في الوثيقة التي أصدرت أمره العالي إلى نظارة المالية: إنه نظراً لما علم لدينا من حصول السعي والإجتهاد من بطركخانة الأقباط في إستعداد وإنتظام وكُتب ومدارس وإيجاد معلمين بها لتعليم الأطفال ما يلزم من العلوم واللغات الأجنبية ونحو ذلك، وسعيها في هذا النوع أوجب الممنونية عندنا، فلأجل مساعدتها على ذلك وتوسعة دائرة التعليم الجارية بمكاتبها، فقد سمحت مكارمنا بالإحسان علي تلك البطريركخانة بألف وخمسمائة فدان عشورية من أطياف المتروك والمستبعدات الموجودة بالمديريات على ذمة الميري. والجدير بالذكر أن مدارس البطريركية تَخَّرج منها رجال قادوا نهضة مصر مثل بطرس باشا غالي وقليني فهمي، وكامل عوض سعد الله وغيرهم من الأقباط، فلقد كانت المدرسة مفتوحة أبوابها لكل أبناء الوطن، ومن خريجيها عبد الخالق ثروت وحسين رشدي ممن تولوا رئاسة الوزارة، ومحمود عبد الرازق الذي كان وكيلاً لوزارة الداخلية، وغيرهم من كبار رجال القضاء والمال والإدارة. لقد بدأ محمد علي في إرسال بعثات إلي أوربا، ولكنه لم يرسل أقباطاً في هذه البعثات سوى قبطي واحد هو الدكتور/ إبراهيم السبكي، والذي قالت عنه إيريس المصري أنه بدأ حياته العملية كموظف في الحكومة المصرية، ثم إختير لبعثة دراسية في فرنسا سنة 1845م، فسافر ودرس الطب البيطري، وبعد ثلاث سنوات حصل على الشهادة المرغوب فيها وعاد إلى وطنه، ثم عين مدرساً بمدرسة الطب البيطري في القاهرة في 23 يوليو 1848م، ولكن يلاحظ أن البعثات في ذلك الوقت كان يندر فيها المصريون عموماً، ولهذا يقول طارق البشرى: إن عدم وجود القبط في هذه البعثات أساسه الندرة الواضحة للحصر المصري ذاته فيها، وليس عنصر الدين، وقد زاد عدد المصريين زيادة نسبية في البعثات المتأخرة، وفي سياق هذه الزيادة النسبية المتأخرة ظهر إسم إبراهيم السبكي المبعوث القبطي، لقد كانت الوظائف ذات الإختصاص المدني كشأن الوضع في الوظائف ذات الإختصاص العسكري، إذ إتجه محمد علي إلى قصر الوظائف العامة علي العثمانيين والمماليك فيما عدا الوظائف الدنيا التي دخلها المصريون عامة، وفيما عدا الأعمال المالية والحسابية التي شغلها الأقباط، وكان مديرو المديريات كلهم مثلاً من العثمانيين والمماليك يحملون رتب الأمير الاي أو الفريق، وهم باشوات أو باكوات، لقد كان هناك ندرة لأبناء مصر حتى في طلبة مدرسة القصر العيني وغيرها من المدارس والتي هي مثل الكليات الآن، ولكن مع الوقت تغير الأمر، وبدأت الأمور تنفرج على كل أبناء مصر، وبعد هذا صار هناك نصيب للأقباط في البعثات التعليمية وهذا ما يؤكده طارق البشري بالمراجع في كتابه المرجع (المسلمون والاقباط في إطار الجماعة الوطنية) الهيئة المصرية العامة للكتاب، مصر، 1980م حيث جاء في صفحة 32-33 ما يلي:- وتوافق مع هذا السياق، إرسال الأقباط في البعثات التعليمية إلي أوروبا، كان منهم على عهد إسماعيل جرجس قلدس القاضي ومسيحه لبيب ونسيم بك وصفي، كما أرسل فرج نصحي في بعثة التاريخ الطبيعي في 1867م، وميخائيل كحيل في بعثة الإدارة والحقوق في 1868م، ويني عبيد في بعثات الطب في 1879م، وقسطندي فهمي وغيرهم، وعرفت المدارس الأميرية كثيراً من المدرسين الأقباط، كان بالمدرسة التجهيرية في 1875م، جرجس الملطي وإبراهيم نجيب، وإبراهيم جرجس بمدرسة اللسان القديم، ووجد أمثالهم في المهندسخانة والمساحة والإدارة والألسن (الحقوق) وغيرها، وقد أثبت الشيخ علي يوسف عدداً من الملاحق الخاصة بالتعليم في خطبته التي ألقاها بالمؤتمر المصري في 1911م، فمدرسة الإدارة والألسن (الحقوق) التي أنشئت في 1867م لم يدخلها في البداية أقباط إلا جرجس قلدس ونسيم وصفي اللذين أرسلا في بعثات، وبدأ دخولهم مع إنشاء المحاكم الأهلية، وبلغ عدد من تخرجوا من الأقباط منها من 1887م إلي 1910،(137) خريجاً والمسلمون (498) خريجاً، ومدرسة الطب إنشئت في 1824م، وكان يتخرج منها الأطباء لخدمة الجيش المصري في الأساس، ولهذا لم يدخلها طالب قبطي قبل 1886م إلا إبراهيم لبيب، ثم بعد ذلك العام زاد دخول القبط فيها، فبلغ عدد القبط من خريجيها حتي 1910م (66) مقابل (327) مسلماً، ومدرسة المهندسخانة إنشئت في 1834م وإلغيت في 1854م ثم اعيدت في1858م وإلغيت في 1861م ثم أعيدت في 1866م، وكانت تخرج للجيش أيضاً، فلم يتخرج منها قبطي إلا في 1899م وبلغ عدد خريجيها القبط 36 حتي 1910م المسلمون(148)، ومدرسة المعلمين التوفيقية إنشئت في 1880م وكان أول من تخرج منها سنة 1888م، وبدأ تخرج القبط منها في العام التالي وتخرج منها (18) من الأقباط حتي 1910م، و(78) من المسلمين. ومدارس الأوقاف بدأ الأقباط يدخلونها بعد 1889م، وبلغ مجموعهم فيها (343) سنة 1911م والمسلمون (1591)، وتلاميذ المكاتب الأهلية كان عدد المسلمين فيها (2028) سنة 1889م والأقباط (145)، وبلغ عدد المسلمين (3943) سنة 1911م، والأقباط (912)، وبهذا يظهر أن كان ثمة نوعا من الإطراد في دخول الأقباط المدارس العليا ومدارس الأوقاف ذاتها، ولكنه كان إطرادا بطيئاً، يتحكم في طرديت ما يتاح للأقباط في تولي الوظائف العامة، حسب التخصيص الوظيفي الذي تعد له كل المدارس، وتولي الوظائف العامة كان يؤثر ويتأثر بمفهوم الجامعة السياسية، وبتطور عملية إنسلاخ الجامعة القومية من الجامعة الدينية والخلافة العثمانية خاصة.
