عدة موجات من التغيرات صاحبت الحركة الإسلامية منذ قيامها، الأمر الذي جعل كثيرين يرون أن تأثر المجموعة الخاصة في الحكم والمحيطة بالسلطة جعلها لا تؤيد ولا تساعد أهداف الحركة قديماً. إضافة إلى انشقاق المؤتمر الشعبي وبعض الجهات الإسلامية التي خلقت انتقادات وأثرت على الحركة، فكل هذه الأسباب مجتمعة جعلت تؤكد بأن هناك بوادر واضحة لانشقاق ربما يصيب جدران الحركة. وحتى قرار أمينها العام الأستاذ علي عثمان محمد طه حول عدم ترشحه لقيادة الحركة، وصفت هذه الخطوة بأنها بمثابة تحوُّط وتفادٍ لأي خلافات أو انشقاقات قد تحدث مستقبلاً وذلك باعتبار أنه ترشح لأكثر من دورتين أكملهما بدورته الحالية«20042008» ودورة «2008 2012م».. لكن فكرة الانشقاق غير واردة لدى الكثيرين ممن لا يقبلون الفكرة بتاتاً وفي حالة دائمة للنفي ولا يوجد أي مظهر يؤكد وجود أي انشقاق وذلك بحسب نائب الأمين العام للحركة الإسلامية الدكتور حسن عثمان رزق الذي نفى ل«الإنتباهة» أن تكون هناك بوادر انشقاق داخل الحركة ووصف ما حدث من اجتماعات نتج عنها اختيار صديق عويشة رئيساً لمجلس الشورى، وعبد القادر محمد زين أميناً للحركة بولاية الخرطوم وصفه بالخطأ الذي تم تصحيحه من قبل رئيس اللجنة التحضيرية للمؤتمر العام البروفيسور إبراهيم أحمد عمر، وأضاف رزق أن مجلس الشورى لا سلطة له وإن جهة لا يعلو قرارها على قرار مجلس الشورى إلا رئيس اللجنة التحضيرية العليا. الاجتماع الذي كان بمنزل والي الخرطوم الدكتور عبد الرحمن الخضر الذي طرح عدة استفهامات مما جعل رزق يذهب بالقول إلى أن أي جهة أيّاً كانت تتخذ مثل هذه القرارات فهو باطل، مضيفاً أنه لا توجد أي دلائل ولا مؤشرات لأي انشقاق داخل الحركة إلا في حالة أن تفارق الحركة الشريعة والإسلام. ويرى المحلل السياسي عباس إبراهيم أن الحركة الإسلامية منذ نشأتها كانت متحدة وقوية ومتماسكة إلا بعد أن حدث الانقسام في العام 1999م وهو الانقسام الأكبر في تاريخ الحركة الإسلامية في السودان الذي أحدثتها مذكرة العشرة، ومنها خلق اختلافاً ما بين السلطة وأهدافها وما ترمى إليه نتيجة للاقصاءات وإخراج بعض الأشخاص اعتبره البعض بعيدًا عن المؤسسية أدت بعدها إلى ظهور بعض التيارات وبعض الأفكار تدعو إلى أن السلطة لم تحقق بعض الأهداف التي كانت ترمي لها الحركة الإسلامية مستقبلاً والحديث لعباس الذي يضيف: لكن بالمقابل فالحركة الإسلامية في السودان تحذو حذو الحركات الإسلامية في العديد من الدول الإسلامية كتركيا ومصر اللتين قدمتا تنازلات حتى لا تسيطر عليها التيارات الغربية. وفكرة الانشقاق داخل الحركة كانت غير واردة لدى رئيس اللجنة التحضيرية للمؤتمر العام البروفيسور إبراهيم أحمد عمر في حوار في صحفي إبان مذكرة الألف أخ التي أثارت جدلاً حول تصدُّع جدران الحركة وحدوث انشقاقات داخلها لكن نفي البروفيسر إبراهيم أحمد عمر حين سؤاله عن أن المذكرة ستؤدي إلى انشقاق داخل الحركة قائلاً :«لا أعتقد ذلك لأن المذكرة ووفقاً لمضمونها ومحتواها تدعو للإصلاح وهذه مسألة لا يمكن أن تكون محل خلاف وأرى أن روح المذكرة بصورة عامة هي روح وفاق والتئام ووحدة صف وتصحيح مسار وإصلاح ولذلك فأنها ستكون ذات أثر إيجابي على المؤتمر الوطني ويمكن أن تؤدي إلى تماسكه وحيويته لأن التغيير هو سنة الحياة ولا يمكن لأحد أن يرفضه ونحن نلمس من روح المذكرة أن أصحابها من المخلصين والحادبين على العمل الإسلامي والسياسي في السودان». حديث إبراهيم أحمد عمر في وقته كان متفائلاً إلى حد كبير وإن كان بنبرة هادئة في حديثه لأصحاب المذكرة لكن لم تكن ردة الفعل هذه نفسها حين أخطر بالاجتماع الأخير الذي تم بموجبه اختيار صديق عويشة رئيساً لمجلس الشورى، وعبد القادر محمد زين أميناً للحركة بولاية الخرطوم ووجدت تلك الخطوة رفضاً غاضباً وضح خلال الكلمات التي أرسلها رافضاً عن هذه الخطوة. وهي كالآتي«اتصل بي بعض أعضاء شورى الولاية المنتخبين وقالوا إن مجلس تنسيق الولاية دعا لانتخاب أخ معين لأمانة الحركة وأخ آخر لشورى الحركة، فإن كان ذلك حقاً، فإني أعلنه باطلاً ومخالفاً للشورى التي نسعى لترسيخها، ويعمل ضد وحدة الصف التي نعمل لها». إذًا وكما ذكر نائب الأمين العام د. حسن عثمان رزق أن هذه الخطوة بمثابة خطأ ارتكبه هؤلاء وقام بتصحيحه البروفيسر نافياً أن تكون هذه بادرة انشقاق. يبرز السؤال: هل هناك حالة من الاختناق تسود الحركة في داخل مكوناتها بحيث يُخطّأ من ناحية ومن أخرى يعالج هذا الخطأ من قيادتها التي تأبى فكرة الانشقاق شكلاً ومضموناً.
