إذا كانت مؤتمرات الحركة الإسلامية قد أثارت جدلاً كبيراً حول مجرياتها الانتخابية فإن المؤتمرات القاعدية بالولايات لم تكن بمعزل عن ذلك، فمؤتمر ولاية النيل الأبيض كان له القدح المعلى في تلك الممارسات المثيرة للجدل بداية بترشيح والي الولاية أحمد نور الشنبلي أميناً للحركة الإسلامية بالولاية لولا صدور قرار ينص بعدم ترشيح الدستوريين لهذا المنصب إلا بعد التنحي كما حدث في دارفور بترشيح كبر أميناً للحركة بدارفور مما جعل المركز يتنبه لهذه الخطوات ويمنع حدوثها في ولاية النيل الأبيض بيد أن ترشيح الأمين العام الحالي في أكثر من منصب حيث تم تصعيده من المحلية ثم الولاية أثار تحفظات ونقد من بعض الأعضاء وانداحت اتهامات بأن بعض النافذين في الولاية كانوا يهدفون لحليف وسند لهم في الانتخابات فقد أقسم مسؤول كبير في الولاية بأن لا يأتي المرشح السابق «ولو على جثته كل هذه التداعيات عند قيام مؤتمر الشورى بالولاية وجعل الناغمين من الأعضاء على طريقة الترشيح رفع مذكرات بالطعن في الطريقة أقيم بها الترشيح، فقد أكد الجعلي حمد محمد عضو الحركة الإسلامية أنهم قدموا طعوناً تؤكد الملابسات والغش الذي حدث في الترشيح وبطرفهم مستندات وبطرفهم أدلة دامغة تؤكد بعض التجاوزات التي حدثت مما جعل المركز يقوم بتكوين لجنه تقصٍ للحقائق حول الأمر برئاسة الشيخ ود الفضل والأردب رئيس اللجنة الفنية، وقد أكد أحد المراقبين أن مجلس الشورى كان من غير أعضاء الحزب، والطريقة التي كوِّنت بها هيئة الشورى ليس لها علاقة بالقانون وأن إجراءاتها لم تكن قانونية، وقد أبان في فترة سابقة الجعلي أن المؤتمرات على مستوى الولاية لم تكن موجودة والحضور كان ضعيفاً في كثير من المؤتمرات فتوالت الطعون وعلى ضوء ذلك تم تجميد منصب الأمين العام وكذلك قيادة هيئة الشورى فلم يكن حضورهم في المؤتمر العام سوى أعضاء، ولكن لم يتوقف الأمر عند التجميد بل امتد مسلسل الطعون فشمل كثيراً من محليات الولاية فأخذت الأمور تستفحل داخل أروقه الحركة الإسلامية فاتخذت بعض القيادات التاريخية بمحلية أم رمتة موقع الخصم وقد التقت هذه القيادات بالأمين العام ورئيس هيئة الشورى والمقرر للحركة الإسلامية بالمركز مقدمة طعناً في الإجراءات، مؤكدة في طعنها بطلان جميع مخرجات مؤتمرات الحركة الإسلامية بأم رمتة مطالبة ببناء الحركة الإسلامية من الأساس وأعلنت نفس المجموعة رفضها للتدخل السافر من قبل النائب البرلماني عوض الله بلال، كذلك قُدِّم طعن آخر من محلية السلام بوفد مكون من معتمد المحلية السابق أبوطالب الشيخ النور وآخرين لم يقتصر الأمر على ذلك بل قُدِم استئناف آخر من وزير الثقافة والإعلام السابق حمدتو مختار ومستشار الوالي السابق بشير بساطي والقيادي الإسلامي عبداللطيف ميسرة والملا، وفي ذات النسق أكد إدريس السيد البدوي أنهم قاموا بتقديم طعون واستئناف حول تجميد نشاط مجلس هيئة الشورى وأن اللجنة التي أتت بقيادة كل من الشيخ ود الفضل والأردب لم تطف الولاية، فقد اكتفت بأحاديث منقولة فقط، لذلك قدمنا استئنافاً حول الأمر على أن تعاد المؤتمرات القاعدية في كل الولاية، وقد أشار السيد البدوي إلى أن الطعن قُدِم من أم رمتة والسلام والدويم وكل الطعون أمام الأمين العام الزبير أحمد الحسن ومهدي إبراهيم رئيس هيئة الشورى وأشركنا بقية المحليات التي لم تقم بتقديم طعن، وفي ذات الإطار أشار إدريس إلى أنه يحمِّل حكومة الولاية كل الآثار السالبة للقيام المؤتمر وفشله بأن الحكومه تسعى لخرق الحركة وتحويلها للمؤتمر أو جعلها صنيعته وذلك بغرض التحكُّم لأن هيئة الشورى هي المناط بها الإتيان بالوالي واعتبر هذا الأمر فهماً قاصراً من حكومة ولاية النيل الأبيض، وتأكيداً لهذه المزاعم أتت بمن هم ليس لهم أدنى صلة بالحركة الإسلامية أمثال محمود أبودقن وبلال عوض الله في هيئة الشورى، مؤكداً أن هناك «80%» من الأصليين في الحركة الإسلامية موجودين على الرصيف ولولا تلك الطعون التي قُدِمت لأقاموا حركة إسلامية بديلة بعيداً عن مطامع السلطة والجاه.