صدام وشد وجذب ابتدرته وزارة المالية مع بقية المؤسسات والوزارات في المركز والولايات منذ أن تقلد أمرها وزير المالية علي محمود فالوزارة اشتهرت بهجومها العنيف والحاد والدخول في نفق الخلافات مع مؤسسات الدولة المختلفة على خلفية مطالبة تلك الوزارة بحقوقها في المال العام وليس بعيدًا عن الآذان الأحداث العاصفة التي هبت على ولاية القضارف في يناير الماضي إثر تفجير واليها كرم الله عباس أزمة قوية مع حكومة المركز ولوح بالتمرد على الحكومة منتقدًا وزارة المالية بشدة واتهمها بحرمان ولاية القضارف من حقها في الحصول على الدعم المفترض للولايات منذ ست سنوات وقرر الوالي المثير للجدل حل حكومته على نحو مفاجئ بعد اشتباك مع وزير المالية الذي رفض مقابلته في مكتبه ما حدا بالوالي لاقتحام مكتب الوزير والدخول معه في مشادات وصفت بالحادة.. بسبب تلكؤ وزارة المالية على مدى (18) شهراً في تحويل الأموال التي تخص ولايته. وهدد بأنه في حالة عدم جدوى ذلك فإنه سيلجاء للقضاء. ويرى البعض أن وزارة المالية تتمتع بسلطات أعلى من مؤسسة الرئاسة وأن القرارات التي تتخذها في بعض الأحيان بانفرادية واضحة سارية التنفيذ دون مراعاة لجهات أخرى لها حق النقد أو الرفض الأمر الذي خلق واقعًا ثوريًا بمؤسسات الدولة ضد الوزارة وظهرت مرة أخرى أن مظاهر الالتماس بين الوزارة وعدد من الجهات ذات العلاقة الكبيرة بخدمة الرعية لاسيما وزارة الرعاية الاجتماعية والاتحاد العام لنقابات عمال السودان على خلفية مطالبة الوزيرة برفع الحد الأدنى للمعاش والاتحاد برفع الحد الأدنى للأجور في ظل المعاناة والغلاء المعيشي الذي يعانيه العاملون بالدولة، وقال غندور في تصريحات سابقة إن التقارير التي يرفعها اتحاده للوزارة تظل حبيسة أدراج السكرتارية بالمالية دون أن يتم النظر إليها أو تنفيذها على حد قوله ولعل ما حدث داخل قبة البرلمان من تراشق بالألفاظ والاتهامات المتبادلة بين وزير المالية والرعاية الاجتماعية على اثر مطالبات الأخيرة بزيادة الحد الأدنى للمعاش بعيدًا عن منحة الرئيس وتمسك الوزير بقراره وصب جام غضبه على الوزيرة أثار عدة تساؤلات حول صلاحيات الوزارة وما هي الخلفيات التي تستند إليها الوزارة في التمسك بقرارها ومدى صحتها؟ الخبير الاقتصادي والأستاذ الجامعي بروفيسور عصام الدين بوب وصف جملة سياسات وزارة المالية بغير المعقولة وقال إنها غير مرتبطة بالمنطق الاقتصادي مبينًا أن الموازنة التي تم وضعها والتي قوبلت بهجوم من عامة المواطنين غير معقولة ولا تستند إلى موارد حقيقية تعتبر أساس وضع الموازنة وأكد أن الوزارة لا تعتمد على سياسات منطقية في السياسات التي يضعها في إشارة إلى تراجع الوزير عن قرار عدم زيادة الأجور والاستجابة لمطالب الرعاية الاجتماعية وتساءل بوب من أين جاء القرار الأول ومن أين جاء الثاني؟ واصفًا السياسات التي تنتهجها الوزارة بسياسة (الوداعيات) التي ترمي الودع وتنتظر النتيجة مما يؤكد عشوائية القرارات.