بند الترتيبات الأمنية يعتبر من أهم البنود التي تجعل الثقة بين الأطراف الموقعة على اتفاقيات السلام، فاتفاقية الدوحة للسلام في اقليم دارفور حتى الآن لم ينفذ فيها بند الترتيبات، علاوة على ذلك عدم قيام لجنة وقف اطلاق النار بمهامها على وجه أكمل، وهذا الأخير أكده مفوض الترتيبات الأمنية بالسلطة الإقليمية لدارفور اللواء تاج السر عبد الرحمن عبد الله أمام مجلس السلطة بالفاشر من خلال استعراضه بيان مفوضيته أن من أهم الأسباب التى أدت الى تأخير إنفاذ بند الترتيبات الأمنية للحركات المسلحة الموقعة على وثيقة الدوحة للسلام بدارفور هو عدم تمكن لجان وقف إطلاق النار من القيام بمهامها على الوجه الأكمل نتيجةً للأحداث الأمنية التى جرت على الارض بدارفور خلال الفترة الماضية خاصةً النزاعات القبلية التي حدثت ببعض مناطق الإقليم. كما عدّد الأسباب الأخرى التي أدت إلى تأخير إنفاذ الترتيبات الأمنية والمتمثلة في الخلاف ما بين البعثة المشتركة للأمم المتحدة والاتحاد الافريقى العاملة بدارفور «اليوناميد» ممثلةً في رئاسة لجنة وقف إطلاق النار وممثلي حركة التحرير والعدالة بجانب العقبات الإدارية الناتجة عن الأحداث الأمنية والتدخلات ما بين مكونات حركة التحرير والعدالة عند بداية عملية التحقق علاوةً على تأخير إجازة مقترح المفوضية بشأن الجداول الزمنية لإنفاذ بند الترتيبات الأمنية من قبل اللجنة المشتركة بجانب عدم وجود موظفين بصورة كافية لافتتاح مكاتب للمفوضية بولايات دارفور أشار إلى عدم اكتمال تعيين ممثلي حركة العدل والمساواة التي انحازت لخيار السلام مؤخرًا في آلية الإنفاذ ولجنتي وقف إطلاق النار واللجنة المشتركة، وأعلن عن بداية عملية مباشرة لإنفاذ الجداول الزمنية للترتيبات الأمنية لترتيب أوضاع المقاتلين دون الإخلال بروح الاتفاق، وشكا تاج السر من عجز المفوضية عن سداد متطلبات تسيير العمل اليومي مما أدى إلى تراكم المديونيات بجميع مكاتب المفوضية والتي قال إن العمل جارٍ لتحديدها بغرض معالجتها، وكشف ذلك لدى استعراضه الأداء المالي لمفوضيته في الفترة من الربع الأخير من العام 2012م حتى 2013م وفي ذات الاتجاه فقد وصى مجلس السلطة الإقليمية لدارفور برئاسة السلطان سعد عبد الرحمن بحر الدين بضرورة الإسراع في إنفاذ بند الترتيبات الأمنية بعد ان أجاز تقرير لجنة الشؤون القانونية والأمنية والمصالحات بالمجلس حول بيان مفوضية الترتيبات الأمنية الذي أودعه منضدة المجلس المفوض المختص بالسلطة الإقليمية لدارفور اللواء تاج السر عبد الرحمن عبد الله، وأوصت اللجنة من خلال التقرير الذي قدمه محيي الدين عبد الله عبد الجبار رئيس اللجنة بضرورة تكوين لجنة عاجلة من المجلس برئاسة رئيس المجلس للتحاور مع أطراف الاتفاق وآليات وقف إطلاق النار لدفع مسيرة الترتيبات الأمنية في تنفيذ بنودها، على ان تتولى اللجنة القيام بزيارات ميدانية لولايات دارفور للوقوف على عمل المفوضية ومتابعة وتقييم ما تم انجازه في المرحلة الماضية بجانب تقديم الدعم اللوجستي غير العسكري بصورة عاجلة لقوات حركة التحرير والعدالة وحركة العدل والمساواة الموقعة على السلام وخوالف اتفاقية ابوجا، كما أوصت بضرورة تكوين لجنة من المجلس لبحث عملية تنفيذ الترتيبات الأمنية مع رئيس السلطة الإقليمية ومساعديه إضافة إلى تسهيل إجراءات استيعاب القيادات العسكرية الأساسية في الحركات الموقعة لدمجهم في القوات النظامية وتوفيق أوضاع المسرحين منهم وأشارت اللجنة إلى الجهود المبذولة من قبل رئاسة الجمهورية عبر اللجنة العليا لإنفاذ وثيقة الدوحة التى يرأسها رئيس الجمهورية وخاصةً بند الترتيبات الأمنية وذلك من خلال عقد اجتماعات مشتركة مع ممثلي حركة التحرير والعدالة بغرض تذليل العقبات ودعمها للمفوضية بمبالغ كبيرة. الترتيبات الأمنية التي تدخل الطمأنينة والثقة في نفوس المقاتلين السابقين. وأوضحت اللجنة القانونية والأمنية والمصالحات بالمجلس ان العقبات الإدارية التي ذكرت في بيان مفوضية الترتيبات الأمنية يمكن تجاوزها بواسطة الحكومة وآليات وقف إطلاق النار، فيما اعتبرت اللجنة التداخل بين مكونات حركة التحرير والعدالة شأنًا داخليًا لا يؤثر في عملية التحقق والمراحل التي تليها. ولفتت إلى أن تأخير إجازة الجداول الزمنية لإنفاذ خطة الترتيبات الأمنية والتي سميت ب «خارطة الطريق» غير مبرر. وترى اللجنة انه قد مضى على الترتيبات الأمنية الخاصة باتفاقية ابوجا حوالى سبع سنوات ولم تستكمل ترتيباتها الأمنية بشقيها. مشيرةً في هذا الصدد إلى أن الترتيبات الأمنية التي نفذت بواسطة اتفاقيات ابوجا تعد تجربة ثرة يمكن الاقتداء بها من جانب الأطراف السودانية الوطنية في حال فشل آليات التنفيذ الأخرى.