تطبيق نظام المقاصة الالكترونية بدأ يسير جنبا الى جنب مع المقاصة اليدوية. وعملية التقاص هى عبارة عن ( قيام المصرف المستفيد باستلام اصل الشيك من العميل والتاكد من سلامته الظاهرية ثم مسحه وتصويره واجراء التدقيق ثم ارساله الكترونيا عبر مركز المقاصة ببنك السودان المركزى الى المصرف الدافع والذى يستلم صورة وبيانات الشيك الكترونيا ثم يقوم بعملية التدقيق الفنى والمالى ومن ثم الرد على مصرف المستفيد عبر مركز المقاصة اما بقبول الشيك او رفضه) وقال عثمان حمد الخبير المصرفى ان الهدف من ذلك هوتطوير البنوك تقنيا واستخدام احدث ما توصلت اليه التقنية الحديثة مبينا ان البنك المركزى قد استعان ببيت خبرة عالمى لتنفيذ المشروع المتمثل فى محول القيود القومى والمقاصة الالكترونية ويهدف المشروع الى تطوير العمل المصرفى وتوفير السيولة للنظام المصرفى عن طريق توسيع الايداعات فى المصارف. ويقول الاقتصادى محمد ابراهيم كبج فى حديثه للصحافة ان النظام من احدث النظم المصرفية تستفيد منه كل المصارف فى السودان، مبينا ان النظام التقليدى السابق كانت تذهب كل الشيكات الى بنك السودان ثم يأتى اليوم الثانى واذا مر الشيك يقولوا لك قد مر واذا لم يمر يقولوا لم يمر ولكن الآن المسألة اصبحت الكترونيا حيث تتبادل البنوك الشيك وان يتم صرف الشيك نقدا من اى مصرف وفى اى وقت يتم تحديده او اجراء اكثر من تسوية خلال اليوم اضافة الى خاصية الربط والتكامل مع الانظمة الاخرى كنظام التوقيعات والنظام المصرفى فى حين يرى المراجع العام الاسبق لحكومة السودان محمد على محسى فى حديثه للصحافة ان بنك السودان مهمته الاساسية فى حالة المقاصة الالكترونية هى ضبط عملية الحسابات بين فروعه والبنوك التجارية الاخرى الى جانب فض النزاعات بين البنوك ،مبينا ان المقاصة الالكترونية هى الاسراع فى المعاملات المالية التى تتم عبر الشيكات ليست كما كانت فى السابق وهى مرور الشيكات فى فترة وجيزة لا تتعدى الاربعة وعشرين ساعة فى حين ان النظام التقليدى القديم يأخذ حوالى ثلاثة ايام واضاف قائلا لكن فى نظام المقاصة الالكترونية يسمح بتقديم الشيك مرة واحدة فقط وقال ان بنك السودان اراد من استمرار التجربتين القديمة والالكترونية حتى يثبت النظام الالكترونى وقال على حسب التجربة فان بنك السودان يعمل على اصدار التوجيهات للبنوك حتى تستقر . وبما ان النظام يتمتع بخواص تأمينية عالية ضد الاختراق ولا يسمح الا بدخول المستخدمين فقط مما يقلل احتمالات التلاعب والاحتيال الا ان الاقتصادى كبج يقول ان الجريمة ايضا تتطور مع التطور التكنولوجى مشيرا الى امثله عده فى اختراق بعض الانظمة ويرى محسى ان التجربة جديدة وفى مرحلة التجريب والى ان يتم تثبيت النظام الالكترونى سوف يعمل بنك السودان على وضع توجيهات لكيفية تأمين النظام ، ولكن يقول الدكتور عز الدين كامل المدير العام لشركة الخدمات المصرفية فى تصريحات له ان تأمين النظام يجرى على مستوى المصرف بحيث لا يدخل النظام غير الشخص المختص ولا يتم استغلال للنظام مع وجود نظم للتفتيش مشيرا الى وجود تأمين ضد السرقة والاختراقات وتأمين ضد الاعطال والكوارث من اجل تحقيق الاستمرارية وقال ان السودان به نظم تأمين قائمة على المبادئ العالمية . ويذكر ان بنك السودان المركزى كان قد اصدر فى وقت سابق منشورا للسياسة المصرفية للاعوام 1999-2002 م ينص على اعتماد التقنية المصرفية جزءا اصيلا من برنامج رقابة بنك السودان ومتطلبات توفيق الاوضاع بكل المصارف وترميز الشيكات بمواصفات وقياسات محددة اضافة الى استكمال شبكات الكمبيوتر فى العمليات المصرفية وربط الفروع برئاساتها ، كما اصدر بنك السودان المركزى منشورا اخر لسياسة المصرفية الشاملة للاعوام 2002- 2005 استكمالا للمنشور السابق نص على ملامح المشاريع التقنية المزمع تنفيذها كمحول القيود القومى والرواجع الالكترونية والمقاصة الالكترونية . وتجدر الاشارة الى ان الاجهزة المستخدمة فى نظام المقاصة الالكترونية هى محطة طرفية تتكون من جهاز كمبيوتر زائدا ماسحة ضوئية يرتبطان بالشبكة المصرفية ويعتمد النظام نمط مزود الخدمة والتى تشترط مركزية قواعد البيانات والتطبيقات اضافة الى ربط فروع المصارف برئاستها وربط الرئاسات بمركز الخدمة بغرض تقليل التكلفة وسهولة ادارة النظام والدعم الفنى وتفرغ المصارف لمهامها الاساسية .