تفجرت الخلافات داخل الحركات المتمردة المكونة للجهبة الثورية في أعقاب توقيع وثيقة الفجر الجديد . ففي الوقت الذي قال فيه عدد من القيادات الميدانية لحركات دارفور إن الوثيقة ركزت على قضايا لا علاقة لها بقضية الإقليم وأهملت المطالب الأساسية الأصلية وأشارت الى أن الحركة الشعبية إستغلت قيادات الحركات والمعارضة بالداخل لتنفيذ أجندات خاصة بدولة الجنوب وبعض القوى الخارجية ، وأعلنوا رفضهم القاطع لأن يكونوا وقود حرب لخدمة أجندة الآخرين وهددوا بإتخاذ مواقف جماعية إذا أصرت قيادة الجبهة على تنفيذ أجندة لا علاقة لها بالقضايا التي حملوا السلاح من أجلها . لكن قيادات بالحركة الشعبية بحسب ذات المصادر قالوا أن أمام الحركات المسلحة المتمردة خيارين ، تنفيذ رؤية الحركة الشعبية والإلتزام بتوجيهات الجيش الشعبي أو مغادرة أراضي دولة جنوب السودان ، وهددوا بإيقاف الدعم الأمر الذي رفضته القيادات الميدانية ولوحوا بخيارات وصفوها بالصعبة لم يفصحوا عنها .