في 28/أغسطس 1991م أعلن ثلاثة من أعضاء القيادة السياسية العليا لحركة قرنق، وهم دكتور رياك مشار ودكتور لام أكول أجاوين والقائد قوردون كوانق، انفصالهم عن جون قرنق. وأصبحت تلك المجموعة (مجموعة الثلاثة) تُعرف باسم (مجموعة الناصر). في 28/أغسطس 1991م أعلن قادة (مجموعة الناصر) أنهم أطاحوا بقرنق من قيادة الحركة وشكَّلوا قيادة جديدة واتهموا قرنق بعدة اتهامات، أبرزها أن قرنق رهن الحركة سياسياً للرئيس الأثيوبي الهارب مانقستو، حيث استخدم قرنق مانقستو للقيام بحملة تصفية جسدية لمخالفيه الرأي، وأن قرنق ظل يدير الحركة الشعبية بصورة فردية ديكتاتورية، وظلت الحركة دون مؤسسات عسكرية أو سياسية منذ قيامها عام 1983م، وأن قرنق قد أصبحت ارتباطاته الإقليمية والعالمية تشكِّل عائقاً في طريق السلام لأنه أصبح رهيناً لتلك الإرتباطات، وأن قرنق استغلّ علاقته للإثراء باسم الحركة وتضخيم أرصدته وحساباته السِّريَّة. ثم في تطور لاحق طالب القادة الثلاثة المنشقون (مجموعة الناصر) بإطلاق سراح المعتقلين السياسيين لدى قرنق، ومنهم القادة المؤسسون للحركة، وإجراء انتخابات لقيادة الحركة على أسس ديمقراطية. إعترف جون قرنق مرغماً بوجود الإنشقاق الكبير الذي ضرب الحركة الشعبية. ولكن رفض التجاوب مع مطالب المنشقين واعتبرهم (متمردين). وكوّن فصيلاً فيما بعد، أصبح يُعرف ب(مجموعة توريت) في مقابل (مجموعة الناصر). ثمَّ على أثر تكوين ذلك الفصيل سرعان ما دار قتال عنيف بين (مجموعة توريت) و(مجموعة الناصر) في مدينة (بور) مسقط رأس جون قرنق، راح ضحيته أعداد كبيرة من المدنيين. بعد ظهور (مجموعة الناصر) على مسرح الأحداث، ظهرت (مجموعة السجناء السياسيين). حيث في 11/يونيو 1992م أصدر خمسة من المعتقلين السياسيين لدى قرنق، والذين هربوا من السجن وتمكَّنوا من الوصول إلى نيروبي، أصدروا رسالة موجهة إلى قرنق دعوا فيها إلى تكوين (حركة شعبية وجيش شعبي جديدين)، حيث كان لدعوتهم صداها وأثرها داخل الحركة الشعبية، وذلك بسبب أن الخمسة معتقلين السياسيين هم من أبناء دينكا بحر الغزال. وهم مجموعة خمسة تتكوَّن من (أمون مون وانتواك. شول دينق ألاك. آرثر بنيامين. دينق بيور. أجنق أدينق). وقد ساند مجموعة أبناء دينكا بحر الغزال القائد (دول شويل) ممثل الحركة الشعبية في غرب أوربا (روما). في أواخر سبتمبر 1992م أعلن (وليم نون باني)، الرجل الثاني في مجموعة قرنق ورئيس وفده لمفاوضات أبوجا الأولى، أعلن خروجه على جون قرنق ودعا جيش الحركة الشعبية للإنضمام اليه. ودارت معارك بين مساندي (وليم نون) وهم من الإستوائيين، وبين مجموعة قرنق راح ضحيتها أعداد كبيرة من الطرفين. وقد كان (وليم نون) وهو يفاوض الحكومة في أبوجا، قد أحدث تقارباً بين تيّاره وممثِّلي (مجموعة الناصر)، لدرجة أن الطرفين وحّدا وفديهما للتفاوض، واتفقا حين العودة إلى نيروبي، على استكمال توحيد أجنحة الحركة. وأمام ذلك الزلزال الذي ضرب الحركة الشعبية، اتهم قرنق (وليم نون) ب(الخيانة). ونتج من جهة أخرى عن انشقاق (وليم نون) عن الحركة الشعبية، تصاعد وتزايد انشقاقات أبناء الدينكا. وزاد من شقة الخلاف داخل الحركة الشعبية واشتعال الخصام بين قرنق و(وليم نون)، هجوم مؤيدي قرنق على (وليم نون)، على إثر اتهامه أيضاً بالإسهام في هروب ثلاثة من القادة المؤسسين للحركة الشعبية، وهم (كاربينو كوانين. أروك طون أروك. فاوستينو أتيم قوالديت)، من المعتقلات التي سجنهم فيها جون قرنق منذ عام 1987م. حيث بعد هروبهم من معتقلات قرنق، دخلوا إلى أوغندا واحتموا بالمفوضية السامية للاجئين. وفي تطور لاحق انشق عن (مجموعة توريت) وانضم لمعارضيها كلٌّ من (الفريد لادو قوري) و(ريتشارد كي مولا)، وهما من قيادات أبناء الاستوائية داخل حركة قرنق. كما لحق بهم أيضاً (بيتر سولي) و(سايمون موري)، وهما من أعالي النيل. وفي يناير 1993م حدث انشقاق جديد داخل مجموعة قرنق تزعَّمه عددٌ من أبناء الدينكا بقيادة (مارتن ماكور اليو) و(ماجور نيال) والقاضي السابق (مارتن ماجير قاي)، وذلك بمنطقة غرب الإستوائية، والتي انتقلت إليها رئاسة الحركة الشعبية عندما استعاد الجيش السوداني مدينتي (كبويتا) و(توريت) في شرق الإستوائية. وبرغم أن قرنق قد تمكّن من السيطرة على الأوضاع وقتلت مجموعته أعداداً كبيرة من المنشقين وأعادت اعتقال (مارتن ماجير) الذي قتله قرنق في يوليو 1994م، إلا أن هذا الإنشقاق ضد قرنق ومجموعته، قد هزّ الأرض تحت جون قرنق. فقد كان الإنشقاق الثالث داخل الحركة الشعبية الذي يقوده أبناء الدينكا. بعد أن تصاعدت انشقاقات أبناء الدينكا ضد جون قرنق ومجموعته، برز أمام قرنق خطر جديد. هو خطر (الفصيل المتحد). حيث جرت مفاوضات بين القيادة السياسية لمجموعة الإستوائيين (وليم نون)، قادها السياسي الجنوبي الشهير (جوزيف أدوهو)، وبين قيادة (مجموعة الناصر) التي مثَّلها د. لام أكول وجون لوك ممثِّل الحركة الشعبية في ألمانيا. وذلك بقصد توحيد المجموعتين. وعندما قطعت تلك المفاوضات شوطاً بعيداً، انضمت إليها المجموعتان الأخريان أي مجموعة (كاربينو. أروك طون. فاوستينو) ومجموعة (دول اشويل وأمون مون وانتوك). في 26/ مارس 1993م تمخضت جولات التفاوض بين المجموعات الأربع عن إعلان سياسي، عُرف بإعلان (كونغور)، وهي مدينة تقع جنوب منطقة أعالي النيل جرى عقد مؤتمر فيها بين القيادات السياسية وقيادات الميدان. وكان من أبرز حضور ذلك المؤتمر د.رياك مشار ود. لام أكول ووليم نون وجوزيف أدوهو وكاربينو كوانين وأروك طون أروك. تضمّن البيان الذي أصدره مؤتمر (كونغور)، إعلان الوحدة بين هذه المجموعات، كما تضمّن مناشدة جون قرنق للإنضمام إلى (تيار الوحدة والسلام لأبناء الجنوب). ونتيجة لهذه التطورات غيَّرت مجموعة (الناصر) اسمها، وتشكّلت قيادة سياسية وعسكرية جديدة لهذا التيّار الذي أصبح اسمه الرسمي(مجموعة الجيش الشعبي الموحّد). ولكن قبل أن تتوالى تداعيات مؤتمر (كونغور)، هاجمت القوات التابعة لجون قرنق المجتمعين، وتمكَّنت من قتل (جوزيف أدوهو). ماذا فعل قرنق، بعد أن تبعثرت الحركة الشعبية من يديه وتكاثرت الإنشقاقات في كل اتجاه، ماذا فعل قرنق بعد أن قتل (شيخ التمرد) جوزيف أدوهو، انتقاماً من دوره في توحيد المنشقين ضدّّه؟.
