ذكر تقرير لمفوضية التقويم والتقدير لاتفاقية السلام الشامل أن الاستفتاء ،يحتاج إلى استعداد جيد وإقناع الذين سيصوتون بأن الاستفتاء سيكون حراً ونزيهاً، وأن أختيارهم اياً كان سيتم التعامل معه على أنه ملزم ينال احترام الجميع. وذكر التقرير أن الاستفتاء عنصر أساسي فى بروتوكول مشاكوس وقد صمم لإيجاد حل للتطلعات المتنافسة التى غذت الصراع فى الجنوب لفترة طويلة.واستعجل تقرير المفوضية ضرورة وضع الآليات الخاصة بالاستفتاء بعد ان تم تكوين مفوضية الاستفتاء والمتمثلة فى الترتيبات الادارية واللوجستية والتمويلية، ووضعها في المكان الصحيح بأعتبارها تدابير موازية لعملية الاستفتاء، بالاضافة الى المضي قدما في وضع الآليات والترتيبات المتعلقة بالمتابعة والمراقبة الدولية وذلك لضمان مصداقية وشرعية الاستفتاء. ونوه التقرير إلى أهمية الاتفاق على ترتيبات ما بعد الاستفتاء حتى يتمكن الناخبون في الجنوب من إتخاذ قرار مستنير يمكن الطرفين من الانتقال السلس في حال الانفصال. وأكد تقرير منتصف الفترة لمفوضية التقويم والتقدير تطلع اتفاقية السلام الشامل الى جعل الوحدة جاذبة، مبيناً أنه تلاحظ ان الترابط الواضح والحتمى بين الشمال والجنوب والمتمثل في قطاع النفط والتعايش بين المجتمعات في المناطق الحدودية يشكل نقطة أساس للاستقرار مهما كانت نتائج الاستفتاء.واشار التقرير إلى أهمية مواصلة تطوير وتنفيذ مشاريع تهدف الى تعزيز العلاقات عبر الحدود وتهيئة بيئة مواتية للسلام والمصالحة، وطمأنة القبائل على الخط الحدودي بأنه لن يطرأ أي تغيير على منازلهم أو مصادر رزقهم أو حقوقهم القديمة.