أثارت المقترحات التي تقدمت بها مفوضية غير المسلمين للنائب الاول لرئيس الجمهورية سلفاكير ميارديت لتعديل القوانين المتعلقة بغير المسلمين جدلا واسعا في الساحة الدينية والسياسية اذ لم تكن هذه المقترحات مقبولة بالنسبة لعلماء المسلمين من ناحية دينية ومن ناحية سياسية فهي مخالفة لما ورد في مشاكوس ونيفاشا ، ولكن غير المسلمين يرون ان الاتفاقيتين ليستا بالمقدسات ويجب التعديل فيهما بقدر المستطاع هذا من جانب، والمواطنون المسلمون انقسموا بين مؤيدين ومعارضين للخطوة ووصفوا بعض المطالبات بالمستفزة ولاتراعي شعور الاخرين، مؤكدين ان غير المسلمين يحظون بحريات دينية كافية فالكنائس ممتدة الي وسط الاحياء ولا احد يجرؤ علي عدم قبول هذا الامر لأن فئة غير المسلمين ليست بالقليلة ولكن عدد المسلمين في السودان يفوقها . وفي استطلاع قامت به «الصحافة » لمعرفة ردود الافعال حول الجدل الذي دار بعد طرح مقترحات لتعديل بعض القوانين المتعلقة بغير المسلمين حيث قال ملوال مجوك ان من حقهم الاستمتاع بكامل حرياتهم دون نقص وليكن ذلك في اطار التسامح الديني وكحق من حقوقهم ولايري أية صعوبة في تعديل القوانين لينال غير المسلمين جزءا منها ،واردف شئ طبيعي ان تعمل المطاعم في رمضان فهم ليس مفروض عليهم الصيام وتساءل لماذا تربط امورنا بالمسلمين فهم يحترمون الدين الاسلامي وبحسب معرفتهم البسيطة به انه دين يقبل الاخرين وان تعمل المحلات اثناء الصلاة بذات المستوي هم لديهم صلاة مختلفة، وقال ان هذه القوانين يجب ان تفعل حتي يشعروا انهم مواطنون من الدرجة الاولي والكل يتساوي في الحقوق والواجبات ،ومضي في حديثه انهم طالما حلموا بمثل هذه الحياة وان يتم التعامل معهم كفئة مقدرة من المجتمع لا ينظر اليهم كاقلية تعامل بدونية ،ومن ناحية اجتماعية حتي يسود السلام الاجتماعي لابد من التسامح الديني وقبول الاخر. فيما قال اكوي دينق ان القوانين من الضرورة بمكان ان تعدل ونيفاشا ومشاكوس ليستا بالمقدسات، وتساءل الي متي نظل تحكمنا تلك الاتفاقات واصفا اياها بالمشوهة وقال انها ان لم تخدم المواطنين من الناحية الدينية ومن الممكن حل الامور الدينية بعيدا عن هذه الاتفاقات ، بعد ان تحصر في الجانب الديني والاجتماعي وفي اطار التسامح الديني وهو يعتقد ان الامر ليس مستحيلا ويمكن تخطي مثل هذه العقبات بعيدا عن الاجندة السياسية وهو كمواطن غير مسلم يخشي بأن تصبح القضية عرضة للمتاجرة كغيرها من المشاكل الاخري، واضاف اكوي ان اخضاع نيفاشا للتعديل في هذا الجانب امر لابد منه ، فهم مازالوا يعانون من انهم ليس مواطنين من الدرجة الاولي وحل هذه المشكلة يعتبر من المحفزات الي ان يصوت معظم غير المسلمين الذين يتواجدون بنسب اكبر في جنوب السودان الي الوحدة، ووجهت ذات الاسئلة الي محمد عبدالكريم الذي قال ان تعديل القوانين كما طلبت مفوضية غير المسلمين مستفز بالنسبة للمسلمين فكيف يلقي النظام العام في بلد معظم سكانها من المسلمين واقامة الحفلات اثناء صلاة الجمعة من اكثر الامور اثارة للجدل والاستفزاز وهو يري ان الشارع السوداني بشكله الحالي مقبول جدا للجميع فغير المسلمين متاحة لهم حريات كافية في اداء عباداتهم وشكلهم العام يتنافي مع الشريعة الاسلامية ومع ذلك مسموح لهم بارتداء الاثواب التي تتناسب واياهم ولا احد يعترض علي ذلك ، وخالفه عثمان بابكر الرأي قائلا ان غير المسلمين ينظر اليهم كطبقة ثانية من المجتمع وحسم هذا الامر يبدأ بتعديل القوانين ليتلاشي احساسهم بأنهم مواطنون من الدرجة الثانية ولكن هناك جزءا منها قد يكون فيه تجريح للمسلمين مثل اقامة الحفلات اثناء صلاة الجمعة والغاء القوانين المتعلقة بالنظام العام ولكن يجب ان يعيشوا حياتهم الدينية كاملة وكذلك الاجتماعية دون التعارض مع المعتقدات الاسلامية لانها مرتبطة ارتباطا مباشرا بالمجتمع المسلم ، وقال ان المجتمع السوداني متسامح دينيا ومتاحة فيه كل الحريات المتعلقة بهذا الجانب ففي شهر رمضان ظلت المطاعم مفتوحة تقديرا لهذه الشريحة من المواطنين السودانيين مع ان ذلك فيه تجريح بالنسبة للمسلمين لكونهم صيام. فيما رفض الامين العام لهيئة علماء السودان البروفسور محمد عثمان في حوار اجرته معه «الصحافة » اجراء أي تعديلات واعتبر هذه الخطوة مخالفة لا تفاقية مشاكوس ونيفاشا فقد تم الاتفاق علي استثناء العاصمة القومية الخرطوم باعتبارها عاصمة لكل السودان علي ان يكون الاستثناء قاصرا علي ابناء الجنوب فقط دون غيرهم والمطالبة بإجراء اي تعديلات جديدة في هذا الشأن يعتبرة نقضا وخروجا عن نيفاشا وتم التوقيع علي هذا الامر بعد موافقة زعيم الحركة الراحل دكتور جون قرنق دي مبيور وبحضور اربعين عالما من المسلمين، وحذر في حال تم التراجع عما اتفق عليه بهذا الخصوص من سوء النتائج، وقال ان هذه المطالب بهذه الصورة ذريعة جديدة لاباحة السكر والفجور والتحلل في العاصمة وهذا الفجور تمنعه الشريعة الاسلامية بل وحتي الاديان السماوية الاخري فحقوق غير المسلمين فيما يتعلق بالعبادة و ممارسة الشعائر متاحة ومصانة ومايطالبون به الان هو خارج عن دينهم ويقنن للفوضي والحرية المطلقة وهذا مرفوض تماما بالنسبة لنا ، ويري ان العاصمة تحكم بالشريعة الاسلامية نحو هذه قضية مفروغ منها وغير قابلة للنقاش فالخرطوم جزء لايتجزأ من شمال السودان ومايجري علي الشمال يحسب عليها ، وبعد الاجتماع الذي عقدته الهيئة صرح البروفسور عثمان محمد صالح «للصحافة» ان الهيئة لن تسمح بإجراء أي تعديلات علي القوانين الجنائية لأن ذلك فيه خدش للشريعة الاسلامية مؤكدا علي ان الضرورات الخمس التي تشمل حفظ النفس والعقل والدين والعرض والمال محفوظة لكل الناس المسلمين وغير المسلمين . وفي ذات الاتجاه تحدث «للصحافة » الشيخ عبد المحمود ابو الذي قال انه لابد من الادراك ان اللغة التي يتحدث بها هؤلاء تنطلق من المرارات التي عايشوها في ظل اجواء الحرب بين الشمال والجنوب ولكن الاسلوب الصحيح ان نقول ان للمسلمين الحق في تطبيق احكامهم لتتماشي و عقائدهم والتزامهم الديني مع استثناء غير المسلمين من الاحكام ذات الصبغة الدينية، واضاف انهم احرار في ممارسة حياتهم كيفما يشاءون لكن لابد من مراعاة مشاعر الاخرين في ذات الوقت وحتي في الغرب حيث لاحدود للحريات هناك قاعدة تقول ان الحرية تنتهي عندما تبدأ حريات الاخرين ، وفي رأيه ان يتم التعامل بحسن نية مع هذه المطالب ولا ينظر اليها كذرائع وبعد تحقيق السلام قال انه يأمل في اتخاذ اجراءات تشعر هؤلاء الاخوة بأنهم ليسوا مواطنين من الدرجة الثانية ونحن كمسلمين مطالبين بأعطاء مزيد من الحكمة والتسامح وان نراعي مشاعرهم ومعرفة الاسباب التي ادت الي وجود مثل هذه اللغة ، وعن امكانية تطبيق الشريعة الاسلامية في العاصمة بشكل شامل قال ان هذه قضية تحتاج الي نقاش وحوار شاملين بين القادة الدينيين والعلماء للتشاور لمعرفة ماهي الخيارات المتاحة في ظل الظروف الحالية التي تمر بها البلاد والخروج برؤية توازن بين النص الشرعي والواقع الظرفي . وحذرت هيئة علماء السودان في بيان تحصلت «الصحافة» علي نسخة منه من استغلال هذا الاتجاه الداعي للتعايش والتسامح اوالسعي لمحاولة التفاف بعض الجهات لإلغاء قوانين الشريعة الاسلامية او تمييعها لتحقيق اهداف وان هذه الخطوة سوف تضر بالسلام وتهدد الامن الاجتماعي وتقوض ما تم الاتفاق عليه بأن يعمل شريكا الاتفاقية علي دعم الوحدة . فيما نفت المفوضية الخاصة انها لم تطالب بالغاء تطبيق الشريعة الاسلامية بالعاصمة ولم تدعُ لعلمانية العاصمة ، مؤكدة ان هذا ليس من اختصاصها، وقال الامين العام للمفوضية محمد عبد الرحمن العمدة ان المفوضية دفعت بجملة من التوصيات بشأن تعديل بعض المواد في قانون النظام العا بإستثناء غير المسلمين من بعض الاحكام ولم تطالب بالغاء المواد او القانون وانما اعدت هذه التوصيات بموافقة تامة من اعضاء المفوضية بوجود العلماء من الجانبين المسلمين وغير المسلمين وان المفوضية رأت ان هناك بعض المواد في قانون النظام العام سنة 1996 المطبق بالعاصمة لها صبغة دينية تمس حقوق غير المسلمين وتم حصرها في الموا د 7/1 و8 و21 و24 وتم وضع مقترح تعديل المادة 7/1 بإضافة ويستثني من ذلك حفلات الزواج لغير المسلمين وعيد ميلاد المسيح ليكون ايقاف الحفلات عند الساعة الثانية عشرة مساء بدلا عن التوقيت المعروف، مبينا ان المادة 8 تنص علي انه «لايجوز اقامة حفل غنائي اوتقديم عرض سينمائي او مسرحي او معرض اوغيره او الاستمرار فيه خلال الفترة من الساعة الثانية عشرة ظهرا حتي الثانية ظهرا من يوم الجمعة » وجاء التعديل باضافة عبارة « ويستثني من ذلك الاخوة غير المسلمين» وتنص المادة 21 بانه «لايجوز فتح المحال التجارية والبيع في الفترة مابين الثانية عشرة ظهرا والثانية ظهرا من يوم الجمعة » بإضافة عبارة «ويستثني من ذلك محلات الاخوة غير المسلمين »كما تنص المادة 24 «بانه لايجوز لاصحاب المطاعم والبوفيهات والكافتريات وكل من يعمل في بيع الطعام او الشراب مزاولة عمل البيع خلال نهار رمضان» بإضافة عبارة « الا المحلات التي تتحصل علي تصاديق او اذن بالعمل من المحليات بدون رسوم اضافية خاصة بشهر رمضان » .