أعاب خبراء وأكاديميون على الحكومة إبعادها للمؤسسة البحثية والأكاديمية في مجال أبحاث السلم والنزاع، ما أفقدها الرؤى العلمية في التعامل مع حالة الصراع في جبال النوبة بجنوب كردفان، وألمحوا إلى أجندات خارجية وجهوية وشخصية فجرت الأزمتين. وقال رئيس وحدة الدراسات والبحوث بمركز ثقافة السلام التابع لجامعة السودان؛ الدكتور أبوالقاسم قور، إن المؤسسة الأكاديمية والبحثية مبعدة عن الساحة السياسية، وبالتالي فقدت الدولة الرؤية العلمية والنقدية، خاصة فى مجال أبحاث السلم والنزاع. وأضاف قور في ورقة قدمها فى منتدى لمركز التنوير المعرفي بعنوان «الأصول الفلسفية لنظرية السلم والنزاع.. دراسة حالة نزاع جبال النوبة»، أن عدم معرفة الدولة بقضية السلم نفسها أوقعها فى كثير من المشاكل، موضحاً أن نظرية النزاعات عميقة وأن السلام كعملية ليس بالسهل، ووصف اتفاقية السلام الشاملة بأنها «اتفاقية متقدمة جداً». واعتبر قور أن النزاع فى جبال النوبة يقع ضمن العداء أو الإحباط العدائي وقد يكون ترسب نتيجة لعمليات اجتماعية طويلة، مضيفاً أن نظريات الحرمان والهمينة تنطبق في حالة النزاع بمنطقة جبال النوبة وهو إحساس بالهوية وصدام الحضارات. وأشار أبوالقاسم قور إلى أن المنطقة تعيش الآن «في حالة اللا سلم واللا حرب» وهذه قابلة للانفجار، ولتحليل النزاع لا بد من دراسة تاريخية ومن ثم مراحله، وأكد أن الدولة لديها نوايا حسنة لحل المشاكل لكن ليست لديها نظريات علمية. من جانبه وصف مستشار الأممالمتحدة بمكتب السودان؛ الدكتور حسين كرشوم، النزاع بجبال النوبة بأنه قضية معقدة جداً بحكم معايشته في المنطقة. وأشار كرشوم لدى مداخلته في المنتدى، إلى الاهتمام العالمي بجبال النوبة واستغلالها خارجياً في دعاوى للمعارضة مثل الإبادة الجماعية والأسلمة القسرية والتهجير القسري، ما أوجد استجابة خارجية ودعومات قوية للحركة الشعبية قطاع جبال النوبة. وأفاد بأن النزاع فى جبال النوبة قضية إحساس بالظلم الاجتماعي والتخلف، موضحاً أن قائد التمرد دائماً ما يعكس الصراع الشخصي فى القضايا، مدللاً بالقيادي الراحل في الحركة الشعبية يوسف كوة.